Opis

bwa-mem2 je novija verzija bwa-mem algoritma. Proizvodi poravnavanje (alignment) identično bwa i brži je ~1.3-3.1x ovisno u use-caseu, setu podataka i mašini na kojoj se izvodi.

Verzije

VerzijaModulSupekPadobran
2.2.1scientific/bwa-mem2/2.2.1(error)  
 		(tick) 
 

Službena dokumentacija

  • https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2
  • Datoteke za primjer:
    • SRA: SRR7733443
      fastq-dump --split-files SRR7733443
    • ref:
      wget http://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/human_g1k_v37.fasta.gz

Primjeri

index.pbs
#PBS -N index
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=8:mem=100GB

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/bwa-mem2/2.2.1

bwa-mem2 index human_g1k_v37.fasta
mapping.pbs
#PBS -N mapping
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=40:mem=100GB
cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/bwa-mem2/2.2.1

bwa-mem2 mem -t $NCPUS human_g1k_v37.fasta SRR7733443_1.fastq SRR7733443_2.fastq > d4_align.sam


Napomene

Uzimanje resursa

Pri indeksiranju potrebne su velike količine RAM-a stoga se preporuča po izračunu 28GB * N(N je veličina datoteke koja se indeksira). Koristi se -l mem=(količina memorije u mB ili GB), npr -l mem=60GB.