Opis
GROMACS je računalno-kemijska aplikacija za molekulsku dinamiku (MD), a prvenstveno se koristi za simulacije makromolekula, kao što su proteini te se može smatrati besplatnom alternativom komercijalnom Amberu.
GROMACS se prvenstveno temelji na klasičnoj mehanici, što znači da koristi jednadžbe gibanja klasične mehanike za izračunavanje kretanja atoma, molekule. MD simulacije mogu pružiti informacije o ponašanju i svojstvima molekula, poput njihovih konformacija, energija i interakcija s drugim molekulama.
GROMACS je aplikacija otvorenog koda, a podržava hibridnu paralelizaciju, MPI + OpenMP, kao i upotrebu grafičkih procesora koji značajno ubrzavaju MD izračune.
Verzije
verzija | modul | paralelizacija | red poslova |
---|---|---|---|
2022.5 | scientific/gromacs/2022.5-gnu | MPI + OpenMP | -q cpu |
2023 | scientific/gromacs/2023-gnu | MPI + OpenMP | -q cpu |
Službena dokumentacija
Primjeri
Kad u PBS zaglavlju definirate vrijednost varijable ncpus
, u okolinu se automatski doprema ista vrijednost OMP_NUM_THREADS
varijable.
MPI + OpenMP
Budući da aplikacija podržava hibridnu paralelizaciju, MPI procese možete podijeliti na OpenMP threadove.
U primjeru niže, aplikacija će stvoriti 8 MPI procesa, podijeljenih u 4 OpenMP threada.
#PBS -N run-gmx #PBS -q cpu #PBS -l select=8:ncpus=4 #PBS -j oe MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/gromacs/2023-gnu # Produkcijska faza gmx grompp -c npt.gro -r npt.gro -p topol.top -f md.mdp -o md.tpr mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -pin on -v -deffnm md
MPI
Ukoliko aplikaciju ne želite dijeliti aplikaciju u OpenMP threadove, možete koristiti paralelizaciju isključivo na razini MPI procesa.
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 32 MPI procesa.
#PBS -N run-gmx #PBS -q cpu #PBS -l select=32:ncpus=1 #PBS -j oe MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/gromacs/2023-gnu # Produkcijska faza gmx grompp -c npt.gro -r npt.gro -p topol.top -f md.mdp -o md.tpr mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -pin on -v -deffnm md
OpenMP
Ukoliko aplikaciju želite dijeliti isključivo u OpenMP threadove, morate zatražiti jedan računalni čvor, budući da u ovom slučaju aplikacija radi s dijeljenom memorijom.
GROMACS će vrijednost OMP_NUM_THREADS
dobiti po definiranju ncpus
varijable u zaglavlju skripte.
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 32 OpenMP threada.
#PBS -N run-gmx #PBS -q cpu #PBS -l select=1:ncpus=32 #PBS -j oe MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/gromacs/2023-gnu # Produkcijska faza gmx grompp -c npt.gro -r npt.gro -p topol.top -f md.mdp -o md.tpr gmx mdrun -pin on -v -deffnm md
Napomene
Novosti i promjene
- 1.1.1971 - Proin eget justo rhoncus, lobortis mauris sed, congue tellu
- 1.1.2051 - Duis auctor est sit amet leo dignissim interdum.