GROMACS u ovoj izvedbi koristi prethodno kompajliran libcp2k.a
CP2K library te iste FFT, BLAS i LAPACK library-je koje je CP2K koristio prilikom kompajliranja. Integracija GROMACS-a i CP2K-a omogućuje dodatnu funkcionalnost GROMACS-a.
Verzija | Implementacija | Modul |
---|---|---|
GROMACS v2022 w/ CP2K v9.1.0 | double precision mpi | gromacs-cp2k/2022-9.1.0 |
Primjeri korištenja
Za pokretanje primjera niže, potrebno je preuzeti datoteku topol.tpr
te postaviti u isti direktorij sa SGE skriptom.
Korištenje paralelne okoline mpi
:
run.sge
#!/bin/bash #$ -N gmx_cp2k #$ -cwd #$ -pe *mpi 20 # Učitavanje modula: module load gromacs-cp2k/2022-9.1.0 # Pokretanje posla: mpirun -np ${NSLOTS} --machinefile ${TMPDIR}/machines gmx_cp2k mdrun -ntomp 1 -pin on -v -s topol.tpr
Korištenje paralelne okoline mpisingle
:
run.sge
#!/bin/bash #$ -N gmx_cp2k #$ -cwd #$ -pe *mpisingle 8 # Učitavanje modula: module load gromacs-cp2k/2022-9.1.0 # Pokretanje posla: gmx_cp2k mdrun -ntomp ${NSLOTS} -pin on -v -s topol.tpr