Opis
AutoDock Vina je računalno-kemijska aplikacija za molekulski docking.
Aplikacija je otvorenog koda, a radi u serijskom načinu rada.
Verzije
| Verzija | Modul | Podrška | Paralelizacija | Kompajler | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1.2.5 | scientific/autodock-vina/1.2.5 | CPU | Serijska | GNU |  |
Službena dokumentacija
Napomene
Aplikacija radi u serijskom načinu rada te ju je potrebno pokretati u redu poslova cpu-single.
U slučaju rada s velikim brojem sličnih inputa, preporučuje se korištenje nizova (polja) poslova, danih PBS opcijom -J.
Primjeri
U primjeru niže, pokrenut će se niz od 6 "pod-poslova", svaki na vlastitoj procesorskoj jezgri i uz rezervaciju 2 GiB po "pod-poslu" (jezgri).
Inputi se nalaze u datotekama input_1.txt, input_2.txt... input_6.txt
Bash skripta
#PBS -q cpu-single
#PBS -l select=1:ncpus=1:mem=2gb
#PBS -J 1-6:1
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load "scientific/autodock-vina/1.2.5"
vina --config input_${PBS_ARRAY_INDEX}.txt