Upute su prilagođene objavljivanju na Hrčku.

Sadržaj:

Table of Contents

Info

icon	false

Journal Article Tag Suite

Journal Article Tag Suite je skup elemenata i atributa koji se koristi za opis znanstvene literature u XML formatu, a za potrebe objavljivanja u digitalnom obliku. Standard se razvio iz National Library of Medicine (NLM DTD) standarda za opis znanstvenih open access časopisa, kojeg je prihvatila i koristi za objavljivanje baza PubMed Central. JATS je razvila NISO (National Information Standards Organization) organizacija, a odobrio ga je institut American National Standards Institute (ANSI) 2015. godine (Z39.96-2015).

Za objavu na Hrčku koristi se Journal Publishing Tag Library v1.1 set elemenata. Sve informacije o shemi mogu se pronaći na službenim web stranicama.

Image Removed

Info

icon	false

nova ... prednosti ....

Važnost Hrčka - osigurati dugoročno očuvanje sadržaja i pristup tom sadržaju

Info

icon	false

Izrada članaka u XML formatu prema standardu JATS

Za potrebe izrade članaka u XML formatu prema standardu JATS dostupno je nekoliko komercijalnih alata, mogućnost outsourcing-a te mogućnost ručne izrade XML-a.

Alati

Alat	Vrsta alata	Kratak opis
eXtyles	Word add-in	Najnapredniji i intuitivan alat koji se instalira unutar programa MS Word. Primjenjuje na već napisanom tekstu na način da se najprije upisuju podaci o časopisu, a onda se označavaju dijelovi teksta te se uređuju reference. Za korištenje ovog alata nije potrebno nikakvo predznanje izrade XML-a niti JATS standarda. Alat se koristi lokalno te je vezan uz računalo na kojem je instaliran.
Xeditor	Online alat	Alat za izradu XML-a online. Koristi se na način da se najprije unose elementi opisa u koje se upisuju vrijednosti, tj. podaci i tekst iz članka. Za korištenje ovog alata nije potrebno predznanje XML-a, ali je neophodno dobro poznavanje JATS standarda. Alat se koristi online te ne ovisi o računalu, stoga je moguće raditi na bilo kojem računalu koje ima pristup internetu.
Oxygen XML Editor + JATSKIT framework Preporuka Hrčak tima	Samostalan alat	Alat koji se preuzima s Interneta na računalo te je potrebno dodatno instalirati JATSKIT framework. Koristi se na način da se u unaprijed pripremljen XML kreiran prema JATS standardu unose podaci i tekst iz članka. Za korištenje ovog alata je potrebno osnovno predznanje XML-a te je poželjno poznavanje JATS standarda. Alat se preuzima lokalno te je vezan uz računalo na kojem je instaliran.
Article Authoring Add-in	Word add-in	Alat koji se instalira unutar programa MS Word. Trenutno je u beta-verziji. Koristi se na način da se u Word uploada (NLM) dokument te ga se nadorađuje na način da se upisuju potrebni podaci i tekst. Za korištenje ovog alata nije potrebno predznanje XML-a niti predznanje JATS standarda. Alat se preuzima lokalno, no besplatan je i može se preuzeti na bilo koje računalo koje ima Word.
Stilo Migrate Cloud	Konverzija u oblaku	Online usluga. Koristi se na način da se uploada željeni Word dokument iz kojeg je potrebno izraditi XML. Za korištenje ovog alata nije potrebno predznanje XML-a niti predznanje JATS standarda, ali je neophodna dobra priprema članka u Wordu prema pravilima alata. Alat se koristi online te ne ovisi o računalu.
Stilo AuthorBridge	Online alat	Trial alata će biti u mogućnosti zatražiti u ožujku 2017. "Word-like" alat koji se koristi online. Primienjuje na već napisanom tekstu na način da se najprije upisuju podaci o časopisu, a onda se označavaju dijelovi teksta te se uređuju reference. Za korištenje ovog alata nije potrebno predznanje XML-a niti predznanje JATS standarda. Alat se koristi online te ne ovisi o računalu, stoga je moguće raditi na bilo kojem računalu koje ima pristup internetu.

Outsourcing

Rogor Editing, Zagreb

Info

icon	false

Neovisno o načinu izrade JATS XML-a, uredništvu se preporuča u Upute za autore integrirati smjernice kako oblikovati rad prilikom pisanja kako bi se kasnije iz postojećeg teksta što lakše kreirao XML.

Preporuke smjernica za Upute za autore:

Osim u PDF-u, autor tekst uredništvu mora dostaviti u .doc/.docx formatu (Microsoft Word), pri čemu tekst mora biti napisan u jednom stupcu (bez obzira što je u konačnom PDF-u drugačije).
Slike (fotografije, grafove, figure...) autori moraju dostavljati zasebno u izvornom formatu i visokoj rezoluciji (raw image data files). Autor ne mora ubacivati sliku u tekst, nego je dovoljno naznačiti mjesto gdje će se slika nalaziti (navesti naziv slike).
Svaka slika i tablica u tekstu mora imati svoj generički naziv (Tablica 1., Slika 1.) te svoj vlastiti naziv. Generički naziv treba sadržavati redni broj zapisan arapskim znamenkama po redu pojavljivanja u tekstu.
Naziv slike i opis se smatraju sastavnim dijelom teksta, a ne slike, stoga se navode u tekstu, a ne na slici.
Poželjno je da se tablice ne dostavljaju kao slike, nego se integriraju u tekst pomoću Insert table alata. Preporuča se oblikovati tablice što je jednostavnije moguće.
Kontakt-autora (corresponding author) je potrebno zasebno izdvojiti i istaknuti. Poželjno je navoditi podatke o corresponding author-u u zaseban odlomak, a ne u fusnotu.
Ako je rad financiran u projektu, podatke o projektu je potrebno zasebno izdvojiti i istaknuti. Poželjno je navoditi podatke o projektu u zaseban odlomak, a ne u fusnotu.
Fusnote je potrebno izbjegavati i u tekstu.
U Uputama za autore je poželjno precizno definirati način citiranja literature (npr: Prezime, Ime. (Godina). Naslov članka. Naslov časopisa Volumen, Broj, Početna-Završna stranica. URL.)

Dokument u XML formatu prema standardu JATS

Dokument u XML formatu prema standardu JATS se sastoji od deklaracije sheme i 3 razine.

Expand

title	Deklaracija sheme

Deklaracija (obavezno)

Napomena

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD with MathML3 v1.1 20151215//EN " 
"https://jats.nlm.nih.gov/publishing/1.1/JATS-journalpublishing1.dtd">
<article article-type="research-article" xml:lang="en" dtd-version="1.1" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" 
xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink">

Expand

title	Vrijednosti @article-type

Bibliografija / bibliography
Crtice / in-brief
Esej / essays
In memoriam, Nekrolog / in memoriam, obituary
Ispravak / correction
Izlaganje sa skupa / conference-paper
Izvorni znanstveni članak / research-article
Kazalo / index
Kratko priopćenje / brief-report
Ostalo / other
Pismo uredniku / letter
Pregledni rad / review-article
Prethodno priopćenje / introduction
Recenzija, prikaz / book-review
Sažetak sa skupa / abstract
Stručni rad / review-article
Uvodnik / editorial
Vijest / news
Zahvala / acknowledgement
Životopis / biography

Expand

title	Front

Expand

title	Podaci o časopisu

Podaci o časopisu upisuju se u XML jednom i više ih nije potrebno mijenjati (osim ako se neki od navedenih podataka ne promijeni)

Podatak

Obaveznost
polja

JATS XML element

Napomena

Objašnjenje elementa

DOI

Obavezno

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<journal-id journal-id-type="doi">DOI casopisa</journal-id>

U ovom primjeru identifikator časopisa je DOI, no može biti i neki drugi identifikator. U slučaju da se zapisuje drugi identifikator, potrebno je promijeniti vrijednost atributa journal-id-type.

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/journal-id.html

Naziv časopisa

Obavezno

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<journal-title-group>
	<journal-title xml:lang="hr">Glavni stvarni naslov casopisa</journal-title>
	<journal-subtitle xml:lang="hr">Glavni stvarni podnaslov casopisa</journal-subtitle>
	<trans-title-group xml:lang="en">
		<trans-title>Usporedni stvarni naslov casopisa</trans-title>
		<trans-subtitle>Usporedni stvarni podnaslov casopisa</trans-subtitle>
	</trans-title-group>
	<abbrev-journal-title>Skraceni naziv casopisa</abbrev-journal-title>
</journal-title-group>

Vrijednosti atributa xml:lang:
ISO 639-2 https://www.loc.gov/standards/iso639-2/php/code_list.php

U ovom primjeru je naveden zapis svih naslova časopisa koji se mogu zapisati u Hrčku. Obavezno je zapisati samo Glavni stvarni naslov, a zapisi ostalih naslova su opcionalni.

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/journal-title-group.html

ISSN / e-ISSN

Obavezno

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<issn pub-type="ppub">ISSN</issn>

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<issn pub-type="epub">e-ISSN</issn>

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/issn.html

Podaci o izdavaču

Obavezno

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<publisher>
	<publisher-name xml:lang="hr">Izdavac hr</publisher-name>
	<publisher-name xml:lang="en">Izdavac en</publisher-name>
	<publisher-loc>Adresa izdavaca
		<email>E-mail izdavaca</email>
		<ext-link xlink:href="webadresaizdavaca.com">webadresaizdavaca.com</ext-link>
	</publisher-loc>
</publisher>

Vrijednosti atributa xml:lang:
ISO 639-2 https://www.loc.gov/standards/iso639-2/php/code_list.php

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/publisher.html

Expand

title	Podaci o članku

Podatak

Obaveznost
polja

JATS XML element

Napomena

Objašnjenje elementa

DOI članka

Obavezno, ako postoji

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<article-id pub-id-type="doi">DOI clanka</article-id>

U ovom primjeru identifikator članka je DOI, no može biti i neki drugi identifikator. U slučaju da se zapisuje drugi identifikator, potrebno je promijeniti vrijednost atributa article-id-type.

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/article-id.html

Vrsta rada

Obavezno

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<article-categories>
	<subj-group subj-group-type="heading" xml:lang="hr">
		<subject>Vrsta rada</subject>
	</subj-group>
	<subj-group xml:lang="en" subj-group-type="heading">
		<subject>Vrsta rada na engleskom</subject>
	</subj-group>
</article-categories>

Vrijednosti atributa xml:lang:
ISO 639-2 https://www.loc.gov/standards/iso639-2/php/code_list.php

Expand

title	Vrijednosti elementa <subject> (vrsta rada)

Bibliografija / Bibliography
Crtice / Reminescences
Esej / Essays
In memoriam, Nekrolog / In memoriam, obituary
Ispravak / Erratum
Izlaganje sa skupa / Conference paper
Izvorni znanstveni članak / Original scientific paper
Kazalo / Index
Kratko priopćenje / Short communication, Note
Ostalo / Other
Pismo uredniku / Letter to the Editor
Pregledni rad / Review article
Prethodno priopćenje / Preliminary communication
Recenzija, prikaz / Book Review
Sažetak sa skupa / Meeting abstract
Stručni rad / Professional paper
Uvodnik / Editorial
Vijest / News
Zahvala / Acknowledgement
Životopis / Biography

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/article-categories.html

Naslov rada

Obavezno

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<title-group>
	<article-title xml:lang="hr">Naslov clanka</article-title>
	<trans-title-group>
		<trans-title xml:lang="en">Naslov clanka na drugom jeziku</trans-title>
	</trans-title-group>
</title-group>

Vrijednosti atributa xml:lang:
ISO 639-2 https://www.loc.gov/standards/iso639-2/php/code_list.php

Naslov članka na drugom jeziku nije obavezno upisivati.

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/title-group.html

Podaci o autorima (uključujući afilijacije)

Obavezno

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<contrib-group>
	<contrib contrib-type="author" corresp="yes">
		<contrib-id contrib-id-type="orcid">ORCID</contrib-id>
		<name>
			<surname>Prezime autora (kontakt osoba)</surname>
			<given-names>Ime autora</given-names>
		</name>
		<xref ref-type="contrib" rid="cor1">*</xref>
		<xref ref-type="aff" rid="aff1">1</xref>
	</contrib>
	<aff>
		<institution xml:lang="hr">Afilijacija (naziv ustanove na hrvatskom)</institution>
        <institution xml:lang="en">Afilijacija (naziv ustanove na engleskom)</institution>
        <addr-line>Adresa ustanove</addr-line>
	</aff>
</contrib-group>

Atribut corresp="yes" dodaje se samo ako je autor ujedno i kontakt za dopisivanje.

Za svakog autora je potrebno dodati element <contrib> i sve pod-elemente.

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/contrib-group.html

Podaci o autorima za dopisivanje
(corresponding author)

Opcionalno

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<author-notes>
	<corresp id="cor1">
		<label>*</label>
		Kontakt autor (ime, prezime, institucija, adresa) 
		<email xlink:href="email@email.com">Email autora</email>
	</corresp>
</author-notes>

Ovdje se upisuju podaci o načinima i osobama za dopisivanje. Primjerice, ovdje se navode podaci kako kontaktirati autora koji je prethodno označen kao corresp="yes"

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/author-notes.html

Datum objave

Obavezno

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<pub-date>
	<day>DD</day>
	<month>MM</month>
	<year>YYYY</year>
</pub-date>

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/pub-date.html

Volumen

Obavezno, ako postoji

Code Block

language	xml
linenumbers	true

 <volume>Volumen/svezak</volume>

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/volume.html

Broj

Obavezno, ako postoji

Code Block

language	xml
linenumbers	true

 <issue>Broj/svescic</issue>

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/issue.html

Početna stranica

Obavezno

Code Block

language	xml
linenumbers	true

 <fpage>Pocetna stranica</fpage>

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/fpage.html

Posljednja stranica

Obavezno

Code Block

language	xml
linenumbers	true

 <lpage>Posljednja stranica</lpage>

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/lpage.html

Datum zaprimanja, prihvaćanja, recenzije

Obavezno, ako postoje

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<history>
	<date date-type="received">
		<day>DD</day>
		<month>MM</month>
		<year>YYYY</year>
	</date>
	<date date-type="accepted">
		<day>DD</day>
		<month>MM</month>
		<year>YYYY</year>
	</date>
	<date date-type="revised">
		<day>DD</day>
		<month>MM</month>
		<year>YYYY</year>
	</date>
</history>

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/history.html

Podatak o licenciji

Obavezno

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<permissions>
	<license license-type="open-access" xlink:href="URI licencije">
		<license-p>Naziv licencije, npr. CC-BY</license-p>
	</license>
	<license license-type="open-access" xml:lang="hr">
		<license-p>Uvjeti korištenja (tekst) na hrvatskom</license-p>		
	</license>			
	<license license-type="open-access" xml:lang="en">
		<license-p>Uvjeti korištenja (tekst) na engleskom</license-p>
	</license>
</permissions>

Ako časopis ne objavljuje pod određenom CC licencijom, potrebno je izbaciti prvi element gdje se zapisuje podatak o CC licenciji.

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/permissions.html

Sažetak

Obavezno

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<abstract xml:lang="hr">
	<p>Kratak sadrzaj</p>
</abstract>
<trans-abstract xml:lang="en">
	<p>Kratak sadrzaj na drugom jeziku</p>
</trans-abstract>

Vrijednosti atributa xml:lang:
ISO 639-2 https://www.loc.gov/standards/iso639-2/php/code_list.php

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/abstract.html

Ključne riječi

Obavezno

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<kwd-group xml:lang="hr">
	<kwd>Kljucna rijec</kwd>
</kwd-group>
<kwd-group xml:lang="en">
	<kwd>Kljucna rijec na drugom jeziku</kwd>
</kwd-group>

Vrijednosti atributa xml:lang:
ISO 639-2 https://www.loc.gov/standards/iso639-2/php/code_list.php

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/kwd-group.html

Podaci o projektu

Obavezno, ako je rad financiran u projektu

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<funding-group>
	<funding-statement>Projekt</funding-statement>
</funding-group>

TO DO

Expand

title	Body

U elementu <body> unosi se cjelovit tekst rada.

Cjelovit tekst rada se dijeli po odjeljcima/section (npr. intro, methods, results, discussion)
Unutar odjeljaka tekst se dijeli na paragrafe

Podatak

Obaveznost polja

JATS XML element

Napomena

Objašnjenje elementa

Cjeloviti tekst

Obavezno

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<body>
	<sec sec-type="intro">
		<label>Uvod</label>
		<p>Tekst uvoda.</p>
	</sec>
	<sec sec-type="methods">
		<label>Metode</label>
		<p>Metode korištene u izradi rada.</p>
	</sec>
	<sec sec-type="results">
		<label>Rezultati</label>
		<p>Tekst rezultata</p>
	</sec>
	<sec sec-type="discussion">
		<label>Rasprava</label>
		<p>Tekst</p>
	</sec>
</body>

Ovo je primjer jednostavnog cjelovitog teksta bez slika, tablica i referenci.

Expand

title	Preporučene vrijednosti atributa sec-type

cases
conclusions
discussion
intro
materials
methods
results
subjects
supplementary-material

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/body.html

Tablice se unose kao skup elemenata koji definiraju izgled, položaj i sadržaj tablice

Podatak

JATS XML element

Napomena

Objašnjenje elementa

Tablica

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<p>   
	<table-wrap position="float">               
		<label>Tablica 1</label>
		<caption><title>Ovo je duži naziv tablice</title>
			<p>Ovo je kratak opisni tekst uz tablicu</p>
		</caption>
		<table border="1" width="50%" frame="box">
			<thead>
				<tr>
					<th rowspan="2" align="center" colspan="1" valign="middle">Zaglavlje1</th>
					<th colspan="2" align="center">Zaglavlje 2</th>
				</tr>
				<tr>
					<th align="center">Naslov 1</th>
					<th align="center">Naslov 2</th>
				</tr>
			</thead>
			<tbody>
				<tr>
					<td rowspan="2" valign="middle">Zajednički podatak</td>
					<td align="center">Prvi podatak</td>
					<td align="center">Drugi podatak</td>
				</tr>
				<tr>
					<td align="center">Treći podatak</td>
					<td align="center">Četvrti podatak</td>
				</tr>
			</tbody>
		</table>
	</table-wrap>
</p>

Ovo je primjer jednostavne tablice sa četiri reda.

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/table-wrap.html

Slike, grafike, fotografije, figure se u XML-u navode na način da se navede poveznica na njih (zato je potrebno dostaviti ih odvojeno od teksta)

Podatak

JATS XML element

Napomena

Objašnjenje elementa

Slika (image)

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<p>
	<graphic xlink:href="http://graphicslearning.com/content/uploads/edd/gl-flower-01.png"/>
</p>

Ova linija XML-a prikazat će sliku koja se nalazi na navedenoj adresi na web-u. U člancima se kao vrijednost atributa xlink:href navodi ime slike koja se dostavlja zasebno.

Za prikaz slike koja je dostupna s računala u atribut xlink:href je potrebno napisati naziv te slike

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/graphic.html

Formule i jednadžbe se unose u programskom jeziku LaTeX

Podatak	JATS XML element	Napomena	Objašnjenje elementa
TO DO	TO DO	TO DO	TO DO

Liste (popis definicija, popis pojmova po numeraciji, bullet liste...) se unose kao skup elemenata koji definiraju vrstu liste, izgled i sadržaj liste

PodatakJATS XML elementNapomenaObjašnjenje elementaLista

Jednostavna lista s definicijama

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<p>
	<list>
		<label>Lista 1</label>
		<title>Lista s definicijama</title>
		<list-item>
			<def-list>
				<term-head>Pojam definicije</term-head>
				<def-head>Definicija</def-head>
				<def-item>
					<term>Vrijednost</term>
					<def>
						<p>Pojašnjenje vrijednosti</p>
					</def>
				</def-item>
			</def-list>
		</list-item>  
	</list>
</p>

Jednostavna bullet lista

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<p>
	<list list-type="bullet">
		<label>Lista 2</label>
		<title>Bullet lista</title>
		<list-item>
			<p>Prvi bullet</p>
		</list-item>
		<list-item>
			<p>Drugi bullet</p>
		</list-item>
	</list>
</p>

, uz ručno upisivanje podataka te objavu PDF-a. Objava članaka u XML formatu nije obavezna.

Što je XML?

XML (eXtensible Markup Language) je format za označavanje, opisivanje i razmjenu podataka. To je proširiv i otvoren format koji je razumljiv računalnim programima, no dovoljno je intuitivan da bude razumljiv i ljudima.

XML se sastoji od oznaka (tag) i sadržaja tih oznaka. Oznaka se sastoji od elemenata i atributa.

<element> počinje i završava istom oznakom </element>
@atribut dodatno upotpunjava značenje elementa: <element type=”testni”>
Prazan <element/> se može označiti kosom crtom
Svaki otvoren element mora se zatvoriti.

Imena oznaka nisu unaprijed definirana te mogu biti proizvoljna - osim ako ne postoji deklaracija na početku XML zapisa.
Detaljnim opisivanjem članaka u XML formatu članak postaje malena, hijerarhijski strukturirana, tekstualna baza podataka.

Zašto pisati i objavljivati u XML-u?

sofisticiranije pregledavanje i pretraživanje
rudarenje sadržaja (content mining)
interaktivniji sadržaj na sučelju
brži dolazak do željenih članaka
pretvorba XML formata u druge formate (HTML, ePUB, PDF)
mogućnost čitanja članaka izravno sa sučelja bez preuzimanja dokumenta
lakša razmjena podataka.

Image Added

Info

icon	false

Što je JATS (Journal Article Tag Suite)?

Kako bi se nedvojbeno znalo koji elementi se koriste za izradu XML dokumenta, potrebno je koristiti standardizirani skup elemenata. Za izradu članaka u časopisu koristi se Journal Article Tag Suite (JATS).

Journal Article Tag Suite je skup elemenata i atributa koji se koristi za opis znanstvene literature u XML formatu, a za potrebe objavljivanja u digitalnom obliku. Standard se razvio iz National Library of Medicine (NLM DTD) standarda za opis znanstvenih open access časopisa, kojeg je prihvatila i koristi za objavljivanje baza PubMed Central. JATS je razvila NISO (National Information Standards Organization) organizacija, a odobrio ga je institut American National Standards Institute (ANSI) 2015. godine (Z39.96-2015).

JATS XML je alternativni način objavljivanja suvremenih znanstvenih i profesionalnih časopisa koji ima brojne prednosti u odnosu na tradicionalne metode objavljivanja. Jedna od ključnih prednosti JATS XML-a je povećanje mogućnosti pronalaska i dostupnosti članaka. To se postiže korištenjem standardiziranih oznaka (tj. skupa elemenata i atributa) za metapodatke o radu i časopisu, cjeloviti tekst, ali i reference, čime se olakšava indeksiranje i dohvaćanje članaka putem tražilica. Također, upotreba JATS XML-a omogućuje bolje očuvanje sadržaja i osigurava da su članci računalno čitljivi i lako se integriraju s drugim znanstvenim izvorima.

Za objavu na Hrčku koristi se Journal Publishing Tag Library v1.1 set elemenata. Sve informacije o shemi mogu se pronaći na službenim web stranicama.

Image Added

Vrijednosti atributa list-type:

order
bullet
alpha-lower
alpha-upper
roman-lower
roman-upper
simple

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/list.html

Svaku referencu je potrebno zasebno označiti

Podatak

JATS XML element

Napomena

Objašnjenje elementa

Reference

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<body>
	<sec sec-type="other">
		<label>Species</label>
		<p>There may be species specific differences in energy allocation and biomass gain in 
			relation to activity.<xref ref-type="bibr" rid="r1">1</xref>
		</p>
	</sec>
</body>
<back>
<ref id="r1">
<label>1</label>
<mixed-citation publication-type="journal">
<name><surname>Khan</surname><given-names>J.R.</given-names></name>,
<name><surname>Trembath</surname><given-names>C.</given-names></name>,
<name><surname>Pether</surname><given-names>S.</given-names></name>,
<name><surname>Bruce</surname><given-names>M.</given-names></name>. 
<article-title>Accommodating the cost of growth and swimming in fish</article-title>.
<source>Frontiers in physiology</source>, 
<volume>5</volume>;
<issue>448</issue>:
<fpage>48</fpage>-<lpage>63</lpage>. <pub-id id="doi">10.3389/2014.00448</pub-id>
</mixed-citation>
</ref>

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/xref.html

Expand

title	Back

Unutar elementa <back> zapisuju se sljedeći podaci:
bibliografija, zahvale, dodaci
PodatakObaveznost poljaJATS XML elementNapomenaObjašnjenje elementaBibliografija / popis literatureObavezno

Članak

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<ref-list>
	<ref id="r1">
		<label>1</label>
		<mixed-citation publication-type="journal">
			<person-group person-group-type="author">
				<name>
					<surname>Prezime</surname>
					<given-names>Ime</given-names>
				</name>
			</person-group>
			<date date-type="pub">
				<year>Godina</year>
			</date>.
			<article-title>Naslov članka</article-title>.
			<source>Izvor (časopis)</source>,
			<volume>Volumen</volume>,
			<issue>Broj</issue>
			<fpage>Početna stranica</fpage>-<lpage>Posljednja stranica</lpage>. 
			<pub-id id="doi">ID publikacije</pub-id>
			<ext-link ext-link-type="uri" xlink:href="URL"/>
		</mixed-citation>
	</ref>
</ref-list>

Knjiga

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<ref id="r2">
	<label>2</label>
	<mixed-citation publication-type="book">
		<person-group person-group-type="author">
			<name>
				<surname>Prezime</surname>
				<given-names>Ime</given-names>
			</name>
		</person-group>. 
		<source>Knjiga</source>. 
		<publisher-loc>Mjesto izdavanja</publisher-loc>: <publisher-name>Izdavac</publisher-name>, 
		<date date-type="pub">
			<year>Godina</year>
		</date>.
	</mixed-citation>
</ref>

Raspored elemenata zapisa nije propisan standardom; svaki časopis može odrediti vrstu podataka i raspored elemenata unutar bibliografskog zapisa prema standardu kojeg koristi!

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/ref-list.html

Podatkovni setObavezno, ako postoji

Podatkovni set koji se koristi prilikom izrade rada citira se u popisu referenci kao i ostali izvori. Podatkovni setovi se citiraju unutar elementa <mixed-citation>, gdje se upisuju elementi reference koji u slučaju različitih podatkovnih setova mogu biti različiti te je na uredništvima da definiraju koje elemente će zapisivati.

Preporučuje se zapisati što više elemenata o podatkovnom setu!

Zapis podatkovnog seta mora sadržavati sljedeće elemente:

Identifier - <pub-id>
Title - <data-title> - primarni naslov; <source> - izvor podataka, ako je potrebno hijerarhijski prikazati naziv
Author/Creator - <collab> ili <name>
Publisher/Distributor/Repository - <publisher>
Publication Date/Year/Release Date - <date> ili <year>
Version - <version> ili <edition>
Resource Type - @publication-format
Location of publisher - <publisher-loc>
Access date - <date-in-citation content-type=“access-date“>
Additional URI/location - <ext-link>

Redoslijed elemenata ovisi o stilu citiranja koji se koristi u časopisu.
Ako časopis nema definiran način citiranja podatkovnog seta, Hrčak predlaže sljedeći način:

...

Primjer:

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<ref id="r3">
	<label>3</label>
	<mixed-citation publication-type="data" publication-format="electronic">
		<collab>Vlasnik/autor podataka</collab>
		<pub-id>Identifikator</pub-id>
		<data-title>Naslov podatkovnog seta</data-title>
		<date>
			<year>Godina</year>
		</date>
		<source>Izvor</source>
		<version>Verzija</version>
		<date-in-citation content-type="access-date">
			<!-- Datum ažurirane verzije -->
			<year>Godina</year>
		</date-in-citation>
		<ext-link ext-link-type="uri">Vanjski link</ext-link>                  
	</mixed-citation>
</ref>

Element <mixed-citation> mora imati atribut publication-type="data"

Ako su autori/vlasnici/održavatelji podatkovnog seta pojedinačne osobe, zapisuju se u element <person-group person-group-type="curator">

U element <version> može se dodati atribut designator uz kojeg se zapisuju brojčane vrijednosti verzije ili izdanja, npr:
<version designator="2">2nd version</version>

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/chapter/tag-cite-data.html

Zahvala / AcknowledgementObavezno, ako postoje

Code Block

language	xml
linenumbers	true

        <ack xml:lang="hr"> 
            <title>Zahvale</title>
            <p>Tekst zahvale</p>
        </ack>

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/ack.html

Dodaci / AppendixObavezno, ako postoje

Code Block

language	xml
linenumbers	true

        <app-group >
            <app xml:lang="hr">
				<title>Appendix</title>
                <p>Tekst appendixa</p>
            </app>
        </app-group>

https://jats.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/1.1/element/app-group.html

Primjer cjelovitog XML-a za Hrčak (preuzmi TO DO)

Obavezni set podataka koje je potrebno zapisali u XML-u za objavu na Hrčku:

Code Block

language	xml
linenumbers	true

<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD with MathML3 v1.1 20151215//EN" 
"https://jats.nlm.nih.gov/publishing/1.1/JATS-journalpublishing1.dtd">
<article article-type="research-article" xml:lang="en" dtd-version="1.1" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink">
    <front>
        <journal-meta>
            <journal-id journal-id-type="doi">DOI casopisa</journal-id>
            <journal-title-group>
                <journal-title xml:lang="hr">Glavni stvarni naslov casopisa</journal-title>
            </journal-title-group>
            <issn pub-type="ppub">ISSN</issn>
            <issn pub-type="epub">e-ISSN</issn>
            <publisher>
                <publisher-name xml:lang="hr">Naziv izdavaca na hrvatskom</publisher-name>
                <publisher-name xml:lang="en">Naziv izdavaca na engleskom</publisher-name>
                <publisher-loc>Adresa izdavaca
					<email>E-mail izdavaca</email>
                    <ext-link xlink:href="webadresaizdavaca.com">webadresaizdavaca.com</ext-link>
                </publisher-loc>
            </publisher>
        </journal-meta>
        <article-meta>
            <article-id pub-id-type="doi">DOI clanka</article-id>
            <article-categories>
                <subj-group subj-group-type="heading" xml:lang="hr">
                    <subject>Vrsta rada</subject>
                </subj-group>
                <subj-group subj-group-type="heading" xml:lang="en">
                    <subject>Vrsta rada na engleskom</subject>
                </subj-group>
            </article-categories>
            <title-group>
                <article-title xml:lang="hr">Naslov clanka (obavezno oznaciti jezik)</article-title>
                <trans-title-group>
                    <trans-title xml:lang="en">Naslov clanka na drugom jeziku (obavezno oznaciti
                        jezik)</trans-title>
                </trans-title-group>
            </title-group>
            <contrib-group>
                <contrib contrib-type="author" corresp="yes">
                    <contrib-id contrib-id-type="orcid">ORCID</contrib-id>
                    <name>
                        <surname> Prezime autora (kontakt autor)</surname>
                        <given-names>Ime autora (kontakt autor)</given-names>
                    </name>
					<xref ref-type="contrib" rid="cor1">*</xref>
					<xref ref-type="aff" rid="aff1">1</xref>
                </contrib>
                <aff id="aff1">
					<label>1</label>
					<institution xml:lang="hr">Afilijacija (naziv ustanove na hrvatskom)</institution>
               		<institution xml:lang="en">Afilijacija (naziv ustanove na engleskom)</institution>
                	<addr-line>Adresa ustanove</addr-line>
				</aff>
 			</contrib-group>
            <author-notes>
                <corresp id="cor1"><label>*</label>Kontakt autor (ime, prezime, institucija, adresa) <email
                        xlink:href="email@email.com">Email autora</email>
                </corresp>
            </author-notes>
            <pub-date>
                <!--Datum izdavanja -->
                <day>DD</day>
                <month>MM</month>
                <year>YYYY</year>
            </pub-date>
            <volume>Volumen/svezak</volume>
            <issue>Broj/svescic</issue>
            <fpage>Pocetna stranica</fpage>
            <lpage>Posljednja stranica</lpage>
            <permissions>
                <license license-type="open-access" xlink:href="URI licencije">
                    <license-p>Naziv licencije, npr. CC-BY</license-p>
                </license>
				<license license-type="open-access" xml:lang="hr">
                	<license-p>Uvjeti korištenja (tekst) na hrvatskom</license-p>	
				</license>				
				<license license-type="open-access" xml:lang="en">
                 	<license-p>Uvjeti korištenja (tekst) na engleskom</license-p>
                </license>
            </permissions>
            <abstract xml:lang="hr">
                <p>Kratak sadrzaj</p>
            </abstract>
            <trans-abstract xml:lang="en">
                <p>Kratak sadrzaj na drugom jeziku</p>
            </trans-abstract>
            <kwd-group xml:lang="hr">
                <kwd>Kljucna rijec</kwd>
            </kwd-group>
            <kwd-group xml:lang="en">
                <kwd>Kljucna rijec na drugom jeziku</kwd>
            </kwd-group>
            <!-- Ako je rad financiran projektom, podaci o projektu su obavezni! -->
            <funding-group>
                <funding-statement>Projekt</funding-statement>
            </funding-group>
        </article-meta>
    </front>
    <body>
        <sec sec-type="intro">
            <label>Uvod</label>
            <p>Tekst uvoda</p>    
        </sec>
        <sec sec-type="methods">
            <label>Metode</label>
            <p>Metode korištene u izradi rada.</p>
        </sec>
        <sec sec-type="results">
            <label>Rezultati</label>
            <p>Tekst rezultata</p>
        </sec>
        <sec sec-type="discussion">
            <label>Rasprava</label>
            <p>Tekst</p>
        </sec>
    </body>
    <back>
        <!-- Acknowledgements -->
        <ack xml:lang="hr"> 
            <title>Zahvale</title>
            <p>Tekst zahvale</p>
        </ack>
        <!-- Appendix -->
        <app-group >
            <app xml:lang="hr">
				<title>Appendix</title>
                <p>Tekst appendixa</p>
            </app>
        </app-group>
        
        <ref-list>
            <!-- Članak -->
            <ref id="r1">
                <label>1</label>
                <mixed-citation publication-type="journal">
                    <person-group person-group-type="author">
                        <name><surname>Prezime</surname><given-names>Ime</given-names></name>
                    </person-group>
                    <date date-type="pub"><year>1993</year></date>. <article-title>Naslov clanka</article-title>.
                            <source>Izvor (casopis)</source>, 
                    <volume>Volumen</volume>,
                    <issue>Broj</issue>
                    <fpage>Pocetna stranica</fpage>-<lpage>Posljednja stranica</lpage>. <pub-id id="doi">ID publikacije</pub-id>
                    <ext-link ext-link-type="uri" xlink:href="URL"/>
                </mixed-citation>
            </ref>
            
            <!-- Knjiga -->
            <ref id="r2">
                <label>2</label>
                <mixed-citation publication-type="book">
                    <person-group person-group-type="author">
                        <name><surname>Prezime</surname><given-names>Ime</given-names></name>
                    </person-group>. <source>Knjiga</source>. 
                    <publisher-loc>Mjesto izdavanja</publisher-loc>: <publisher-name>Izdavac</publisher-name>, 
					<date date-type="pub">
                        <year>Godina</year>
                    </date>.
                </mixed-citation>
            </ref>
            
            <!-- Podatkovni set -->
            <ref id="r3">
                <label>3</label>
                <mixed-citation publication-type="data" publication-format="electronic">
                    <collab>Vlasnik/autor podataka</collab>
                    <pub-id>Identifikator</pub-id>
                    <data-title>Naslov podatkovnog seta</data-title>
                    <date>
                        <year>Godina</year>
                    </date>
                    <source>Izvor</source>
                    <version>Verzija</version>
                    <date-in-citation content-type="access-date">
                        <!-- Datum ažurirane verzije -->
                           <year>Godina</year>
                    </date-in-citation>
                    <ext-link ext-link-type="uri">Vanjski link</ext-link>                  
                </mixed-citation>
            </ref>            
        </ref-list>
    </back>
</article>

Upload XML-a u Hrčak

Pripremljene XML dokumente preporučujemo validirati prije dostave u Hrčak. Neke od stranica gdje se može izvršiti validacija su JATS4R Validator i PMC XML Validator.

Nakon validacije, svaki XML je potrebno imenovati prateći sljedeće pravilo:

Info

icon	false

casopis-vol-str.xml

casopis - Skraćeni naziv časopisa bez razmaka, bez dijakritičkih znakova

vol - Volumen/svezak časopisa

str - Početna stranica članka

Primjer: actaclincroat-55-208.xm

Svaki dodatak XML-u je potrebno imenovati prateći sljedeće pravilo:

Info

icon	false

casopis-vol-str-VrstaBr.ext

casopis - Skraćeni naziv časopisa bez razmaka, bez dijakritičkih znakova

vol - Volumen/svezak časopisa

str - Početna stranica članka

Vrsta - Vrsta dodatka: g ("graphic" - slika, fotografija, formula...), s ("supplementary material" - csv dokument, tekstualni dokument, video...)

Br - Broj dodatka prema redoslijedu pojavljivanja u tekstu

ext - Format dodatka

Primjer: actaclincroat-55-208-g1.png

Slike se dostavljaju u izvornom formatu visoke rezolucije (tif, png, eps)!Svi XML dokumenti (članci) jednog broja, zajedno sa dodatnim dokumentima (slike, formule, grafike...) pohranjuju se u jednu zip datoteku te se tako uploadaju u Hrčak.

Zip datoteku cijelog broja potrebno je imenovati prateći sljedeće pravilo:

Info

icon	false

casopis-vol_br.zip

Nakon pohranjivanja svih dokumenata pod ispravnim nazivima u jednu zip datoteku, datoteka se uploada na Hrčak. Na Hrčku je potrebno kreirati novi broj, ispuniti podatke o novom broju te u polju XML broja uploadati pripremljenu zip datoteku.

Space shortcuts

Page tree

Versions Compared

Old Version 67

New Version Current

Key

Journal Article Tag Suite

Hrčak i XML

Izrada članaka u XML formatu prema standardu JATS

Alati

Outsourcing

Dokument u XML formatu prema standardu JATS

Što je JATS (Journal Article Tag Suite)?

Sadržaj:

Primjer cjelovitog XML-a za Hrčak (preuzmi TO DO)

Upload XML-a u Hrčak

Space shortcuts

Page tree

Page History

Versions Compared

Old Version 67

New Version Current

Key

Journal Article Tag Suite

Hrčak i XML

Izrada članaka u XML formatu prema standardu JATS

Alati

Outsourcing

Dokument u XML formatu prema standardu JATS

Što je JATS (Journal Article Tag Suite)?

Sadržaj:

Primjer cjelovitog XML-a za Hrčak (preuzmi TO DO)

Upload XML-a u Hrčak