| Table of Contents |
|---|
Opis
IQmol je računalno-kemijska aplikacija za vizualizaciju molekula, komplementarna aplikaciji Q-Chem.
Službena dokumentacija
Lokalna instalacija
| Tip |
|---|
Ako imate IQmol instaliran na Vašem računalu, možete koristiti njegovo grafičko sučelje i putem njega podnositi poslove na Supeku. IQmol možete besplatno preuzeti za Vašu platformu s poveznice http://iqmol.org/downloads.html Nakon podnošenja posla, IQmol provjerava stanje posla te po završetku nudi opciju spremanja podataka nazad na Vaše lokalno računalo. |
Podešavanje udaljenog izvođenja
Iz alatne trake odaberite "Calculation" -> "Edit Servers". Kliknite gumb "+" ("Add new server")
- "Connection": SSH
- "Server Name": Supek
- "Queue System": PBS
- "Host Address": login-cpu.hpc.srce.hr
- "Authentication": Public Key
- "User Name": Vaše korisničko ime na Supeku
- "Working Directory": Željeni polazišni radni direktorij, u punoj putanji (npr. Vaš home direktorij)
Kliknite na gumb "Configure SSH" te podesite putanje do "ssh datoteka" s Vašeg lokalnog računala, npr.:
- "Known Hosts": \\wsl.localhost\Ubuntu-22.04\home\kmrkalj\.ssh\known_hosts
- "Private Key": \\wsl.localhost\Ubuntu-22.04\home\kmrkalj\.ssh\id_rsa
- "Public Key": \\wsl.localhost\Ubuntu-22.04\home\kmrkalj\.ssh\id_rsa.pub
Kliknite na gumb "Configure PBS" te podesite opcije za PBS. Polja "Submit", "Query", "Kill", "Job File List" i "Queue Info" možete ostaviti izvornima.
Polje "Run File Template" možete prilagoditi po želji, npr.:
| Code Block |
|---|
#PBS -q ${QUEUE}
#PBS -l select=1:ncpus=${NCPUS}:mem=${MEMORY}Mb
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/q-chem
qchem -nt ${NCPUS} ${JOB_NAME}.inp |
Udaljeno izvođenje
Postavke Q-Chem simulacije, odnosno input datoteke Vaše molekule/strukture (tip računa, metoda, algoritam... ) definirajte u poljima "Calculation" -> "Q-Chem Setup".
Ispod generirane input datoteke odaberite "Server": Supek te kliknute na gumb "Submit".
U sljedećem prozoru unesite ime radnog direktorija konkretnog posla (dotični će se kreirati), a idućem definirajte tražene resurse. Opciju "Scratch" možete zanemariti.
Odaberite "OK". Po završetku posla, dobit ćete opciju spremanja rezultata s klastera na računalo, odnosno u IQmol.
Stanje podnesenih poslova možete pratiti s "Calculation" -> "Job Monitor".
Supek
Verzije
| Verzija | Modul | Podrška | Supek | Padobran |
|---|
| 2.14 | scientific/iqmol/2.14 | CPU |
Napomene
| Warning |
|---|
IQmol je potrebno koristiti isključivo za vizualizaciju. |
| Warning |
|---|
Kako bi se aplikacija uspješno pokrenula, potrebno je spojiti se na pristupni čvor uz prosljeđivanje X11. U slučaju korištenja Linuxa ili macOS-a, koristite naredbu:
U slučaju korištenja Windowsa, potrebno je preuzeti aplikaciju Xming te je pokrenuti prije pokretanja PuTTY-ja. Unutar PuTTY-ja, potrebno je uključiti X11 forwarding (Connection → SSH → X11, Enable X11 forwarding). |
Primjer korištenja
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
module load scientific/iqmol/2.14 |
| Code Block | ||||
|---|---|---|---|---|
| ||||
iqmol azithromycin.xyz |
