| Table of Contents |
|---|
Opis
CASTEP je aplikacija za simulaciju materijala na atomskoj razini, posebno
...
usmjerena na proučavanje elektronske strukture i svojstava čvrstih tvari.
| Warning | ||
|---|---|---|
| ||
Korištenje CASTEP-a ograničeno je na registrirane korisnike. Više informacija na: |
Verzije
| Verzija | Modul | Prevodioc | Podrška | Paralelizacija * | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 19.11 | scientific/castep/19.11-gnu | GNU | CPU | Serijski + MPI |  |
...
| 20.11 | scientific/castep/20.11-gnu | GNU | CPU | Serijski + MPI |
...
| 20.11 (non-SCF) |
| GNU | CPU | Serijski + MPI |
...
...
| 21.11 | scientific/castep/21.11-gnu | GNU | CPU | Serijski + MPI |
...
...
| 22.11 | scientific/castep/22.11-gnu | GNU | CPU | Serijski + MPI |
...
| devel | scientific/castep/devel-openmpi | GNU | CPU | Serijski + MPI | |
...
| Tip | ||
|---|---|---|
|
...
* Svaka od spomenutih verzija ima paralelnu (MPI) verziju te serijsku verziju, budući da neki CASTEP-ovi alati za pred- i postprocesuiranje nisu paralelizirani. |
Službena dokumentacija
Primjeri
| Note |
|---|
Ukoliko primijetite sporo izvođenje na Padobranu, preporučuje se korištenje privremenog direktorija TMPDIR. Naime, ponekad input/output (čitanje/pisanje) može biti usko grlo u izvođenju posla. Prije pokretanja CASTEP-a iz privremenog direktorija, potrebno je tamo premjestiti sve potrebne input datoteke, npr.:
Po završetku izvođenja, potrebno je vratiti nazad željene output datoteke, npr.:
|
Paralelno izvođenje
Ulazni, tj. input podaci mogu se preuzeti u tarball obliku, direktno sa službenih stranica CASTEP-a. quartz je osnovno ime input datoteka, bez ekstenzija.
Napomene
| Warning |
|---|
Zbog aktualnog cray-pals buga na Supeku, trenutno je ograničen broj poslova koji se mogu širiti van čvora kad koriste Cray-ev mpiexec. Ako Vaš posao prijeđe taj limit i proširi svoje MPI procese na druge čvorove, prekinut će se. Kako bi izbjegli taj bug, sigurnije je je sve MPI procese smjestiti na isti čvor. Najjednostavniji način je korištenjem opcije |
Paralelno izvođenje
Jedan čvor (Supek i Padobran)
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti
...
na jednom čvoru, na sveukupno 32 procesorske jezgre, odnosno
...
32 MPI procesa. Sveukupno zatražena memorija iznosi 96 GB.
| Code Block | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
#PBS -q cpu #PBS -l select=32:mem= |
...
3gb #PBS -l place=pack cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/castep/ |
...
20.11-gnu mpiexec castep.mpi |
...
Serijsko izvođenje
...
Cu |
Više čvorova (Supek)
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti na dva čvora, na svakom po 16 procesorskih jezgri, odnosno 16 MPI procesa. Zatražena memorija po čvoru (odnosno po chunku) iznosi 48 GB.
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
|
...
| |||
#PBS -q cpu |
...
#PBS -l select=2:mpiprocs=16:ncpus=16:mem=48gb
#PBS -l place=scatter
export OMP_NUM_THREADS=1
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/castep/20.11-gnu
mpiexec castep.mpi Cu |
Serijsko izvođenje
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti na jednoj procesorskoj jezgri.
| Code Block | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
#PBS -q cpu-single cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/castep/ |
...
20.11-gnu castep.serial Si2 |