Opis

CASTEP je aplikacija za simulaciju materijala na atomskoj razini, posebno usmjerena na proučavanje elektronske strukture i svojstava čvrstih tvari.

Korištenje CASTEP-a ograničeno je na registrirane korisnike.

Više informacija na:

Verzije

VerzijaModulPrevodiocPodrškaParalelizacija *SupekPadobran
19.11scientific/castep/19.11-gnuGNUCPUSerijski + MPI(error)check mark button
20.11scientific/castep/20.11-gnuGNUCPUSerijski + MPIcheck mark buttoncheck mark button
20.11 (non-SCF)

scientific/castep/20.11-nonscf-gnu

GNUCPUSerijski + MPIcheck mark buttoncheck mark button
21.11scientific/castep/21.11-gnuGNUCPUSerijski + MPIcheck mark button check mark button
22.11scientific/castep/22.11-gnuGNUCPUSerijski + MPIcheck mark buttoncheck mark button
develscientific/castep/devel-openmpiGNUCPUSerijski + MPIcheck mark button(error)

* Svaka od spomenutih verzija ima paralelnu (MPI) verziju te serijsku verziju, budući da neki CASTEP-ovi alati za pred- i postprocesuiranje nisu paralelizirani.

Službena dokumentacija

Primjeri

Ukoliko primijetite sporo izvođenje na Padobranu, preporučuje se korištenje privremenog direktorija TMPDIR. Naime, ponekad input/output (čitanje/pisanje) može biti usko grlo u izvođenju posla.

Prije pokretanja CASTEP-a iz privremenog direktorija, potrebno je tamo premjestiti sve potrebne input datoteke, npr.:

cp -r * ${TMPDIR} && cd ${TMPDIR}

Po završetku izvođenja, potrebno je vratiti nazad željene output datoteke, npr.:

cp -r * ${PBS_O_WORKDIR}

Napomene

Zbog aktualnog cray-pals buga na Supeku, trenutno je ograničen broj poslova koji se mogu širiti van čvora kad koriste Cray-ev mpiexec. Ako Vaš posao prijeđe taj limit i proširi svoje MPI procese na druge čvorove, prekinut će se.

Kako bi izbjegli taj bug, sigurnije je je sve MPI procese smjestiti na isti čvor.

Najjednostavniji način je korištenjem opcije #PBS -l place=pack.

Paralelno izvođenje

Jedan čvor (Supek i Padobran)

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti na jednom čvoru, na sveukupno 32 procesorske jezgre, odnosno 32 MPI procesa. Sveukupno zatražena memorija iznosi 96 GB.

#PBS -q cpu
#PBS -l select=32:mem=3gb
#PBS -l place=pack

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/castep/20.11-gnu

mpiexec castep.mpi Cu

Više čvorova (Supek)

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti na dva čvora, na svakom po 16 procesorskih jezgri, odnosno 16 MPI procesa. Zatražena memorija po čvoru (odnosno po chunku) iznosi 48 GB.

#PBS -q cpu
#PBS -l select=2:mpiprocs=16:ncpus=16:mem=48gb
#PBS -l place=scatter
export OMP_NUM_THREADS=1

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/castep/20.11-gnu

mpiexec castep.mpi Cu

Serijsko izvođenje

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti na jednoj procesorskoj jezgri.

#PBS -q cpu-single

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/castep/20.11-gnu

castep.serial Si2