Opis

CASTEP je aplikacija za simulaciju materijala na atomskoj razini, posebno usmjerena na proučavanje elektronske strukture i svojstava čvrstih tvari.

Važno

Korištenje CASTEP-a ograničeno je na registrirane korisnike.

Više informacija na:

Verzije

VerzijaModulPrevodiocPodrškaParalelizacija *SupekPadobran
19.11scientific/castep/19.11-gnuGNUCPUSerijski + MPI(error)check mark button
20.11scientific/castep/20.11-gnuGNUCPUSerijski + MPIcheck mark buttoncheck mark button
20.11 (non-SCF)

scientific/castep/20.11-nonscf-gnu

GNUCPUSerijski + MPIcheck mark buttoncheck mark button
21.11scientific/castep/21.11-gnuGNUCPUSerijski + MPIcheck mark button check mark button
22.11scientific/castep/22.11-gnuGNUCPUSerijski + MPIcheck mark buttoncheck mark button
develscientific/castep/devel-openmpiGNUCPUSerijski + MPIcheck mark button(error)

* Svaka od spomenutih verzija ima paralelnu (MPI) verziju te serijsku verziju, budući da neki CASTEP-ovi alati za pred- i postprocesuiranje nisu paralelizirani.

Službena dokumentacija

Primjeri

Ukoliko primijetite sporo izvođenje na Padobranu, preporučuje se korištenje privremenog direktorija TMPDIR. Naime, ponekad input/output (čitanje/pisanje) može biti usko grlo u izvođenju posla.

Prije pokretanja CASTEP-a iz privremenog direktorija, potrebno je tamo premjestiti sve potrebne input datoteke, npr.:

cp -r * ${TMPDIR} && cd ${TMPDIR}

Po završetku izvođenja, potrebno je vratiti nazad željene output datoteke, npr.:

cp -r * ${PBS_O_WORKDIR}

Napomene

Zbog aktualnog cray-pals buga na Supeku, trenutno je ograničen broj poslova koji se mogu širiti van čvora kad koriste Cray-ev mpiexec. Ako Vaš posao prijeđe taj limit i proširi svoje MPI procese na druge čvorove, prekinut će se.

Kako bi izbjegli taj bug, sigurnije je je sve MPI procese smjestiti na isti čvor.

Najjednostavniji način je korištenjem opcije #PBS -l place=pack.

Paralelno izvođenje

Jedan čvor (Supek i Padobran)

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti na jednom čvoru, na sveukupno 32 procesorske jezgre, odnosno 32 MPI procesa. Sveukupno zatražena memorija iznosi 96 GB.

PBS script
#PBS -q cpu
#PBS -l select=32:mem=3gb
#PBS -l place=pack

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/castep/20.11-gnu

mpiexec castep.mpi Cu

Više čvorova (Supek)

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti na dva čvora, na svakom po 16 procesorskih jezgri, odnosno 16 MPI procesa. Zatražena memorija po čvoru (odnosno po chunku) iznosi 48 GB.

PBS script
#PBS -q cpu
#PBS -l select=2:mpiprocs=16:ncpus=16:mem=48gb
#PBS -l place=scatter
export OMP_NUM_THREADS=1

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/castep/20.11-gnu

mpiexec castep.mpi Cu

Serijsko izvođenje

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti na jednoj procesorskoj jezgri.

PBS skripta
#PBS -q cpu-single

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/castep/20.11-gnu

castep.serial Si2
  • No labels