Opis
CASTEP je aplikacija za simulaciju materijala na atomskoj razini, posebno usmjerena na proučavanje elektronske strukture i svojstava čvrstih tvari.
Važno
Korištenje CASTEP-a ograničeno je na registrirane korisnike.
Više informacija na:
Verzije
| Verzija | Modul | Prevodioc | Podrška | Paralelizacija * | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 19.11 | scientific/castep/19.11-gnu | GNU | CPU | Serijski + MPI |  | |
| 20.11 | scientific/castep/20.11-gnu | GNU | CPU | Serijski + MPI | ||
| 20.11 (non-SCF) |
| GNU | CPU | Serijski + MPI | ||
| 21.11 | scientific/castep/21.11-gnu | GNU | CPU | Serijski + MPI | ||
| 22.11 | scientific/castep/22.11-gnu | GNU | CPU | Serijski + MPI | ||
| devel | scientific/castep/devel-openmpi | GNU | CPU | Serijski + MPI | |
Službena dokumentacija
Primjeri
Ukoliko primijetite sporo izvođenje na Padobranu, preporučuje se korištenje privremenog direktorija TMPDIR. Naime, ponekad input/output (čitanje/pisanje) može biti usko grlo u izvođenju posla.
Prije pokretanja CASTEP-a iz privremenog direktorija, potrebno je tamo premjestiti sve potrebne input datoteke, npr.:
cp -r * ${TMPDIR} && cd ${TMPDIR}
Po završetku izvođenja, potrebno je vratiti nazad željene output datoteke, npr.:
cp -r * ${PBS_O_WORKDIR}
Napomene
Zbog aktualnog cray-pals buga na Supeku, trenutno je ograničen broj poslova koji se mogu širiti van čvora kad koriste Cray-ev mpiexec. Ako Vaš posao prijeđe taj limit i proširi svoje MPI procese na druge čvorove, prekinut će se.
Kako bi izbjegli taj bug, sigurnije je je sve MPI procese smjestiti na isti čvor.
Najjednostavniji način je korištenjem opcije #PBS -l place=pack.
Paralelno izvođenje
Jedan čvor (Supek i Padobran)
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti na jednom čvoru, na sveukupno 32 procesorske jezgre, odnosno 32 MPI procesa. Sveukupno zatražena memorija iznosi 96 GB.
#PBS -q cpu
#PBS -l select=32:mem=3gb
#PBS -l place=pack
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/castep/20.11-gnu
mpiexec castep.mpi Cu
Više čvorova (Supek)
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti na dva čvora, na svakom po 16 procesorskih jezgri, odnosno 16 MPI procesa. Zatražena memorija po čvoru (odnosno po chunku) iznosi 48 GB.
#PBS -q cpu
#PBS -l select=2:mpiprocs=16:ncpus=16:mem=48gb
#PBS -l place=scatter
export OMP_NUM_THREADS=1
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/castep/20.11-gnu
mpiexec castep.mpi Cu
Serijsko izvođenje
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti na jednoj procesorskoj jezgri.
#PBS -q cpu-single
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/castep/20.11-gnu
castep.serial Si2