Opis

AutoDock Vina je računalno-kemijska aplikacija otvorenog koda, za molekulski docking.Aplikacija je otvorenog koda, a radi u serijskom načinu rada.

Verzije

Verzija	Modul	Podrška	Paralelizacija	Kompajler	Supek	Padobran
1.2.5	scientific/autodock-vina/1.2.5	CPU	SerijskaOpenMP	GNU

Službena dokumentacija

• https://vina.scripps.edu/
• https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina
• https://autodock-vina.readthedocs.io/en/latest/

Primjeri

#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=32:mem=32gb

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load "scientific/autodock-vina/1.2.5"

vina --cpu ${OMP_NUM_THREADS} --config config.txt --ligand lgnd963.pdbqt
vina --cpu ${OMP_NUM_THREADS} --config config.txt --ligand lgnd255.pdbqt
vina --cpu ${OMP_NUM_THREADS} --config config.txt --ligand lgnd965.pdbqt

Niz (polje) poslova

Napomene

Tip
U slučaju rada s velikim brojem sličnih inputa, preporučuje se korištenje nizova (polja) poslova, danih PBS opcijom -J.

Primjeri

U primjeru niže, pokrenut će se niz od 6 "pod-poslova", svaki na vlastitoj procesorskoj jezgri vlastitim procesorskim jezgrama (32 kom.), i uz rezervaciju 2 32 GiB po "pod-poslu" (jezgri).

Inputi se nalaze u datotekama input_1.txt, input_2.txt... input_6.txt

#PBS -q cpu-single
#PBS -l select=1:ncpus=132:mem=2gb32gb
#PBS -J 1-6:1

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load "scientific/autodock-vina/1.2.5"

vina --cpu ${OMP_NUM_THREADS} --config input_${PBS_ARRAY_INDEX}.txt