Korištenje
Dostupne verzije i pripadajući moduli:
| Verzija | Modul |
|---|
| 2.3.3 | bioinfo/megalodon/2.3.3 |
Primjer skripte za opis poslova:
| Code Block |
|---|
|
#$ -N male_pupae_2
#$ -pe gpusingle 1
#$ -l cores=8
#$ -cwd
module load bioinfo/megalodon/2.3.3
GPUDEVICE=$(cat $TMPDIR/gpu)
megalodon fast5_male_pupae_head \
--outputs basecalls mappings mod_mappings mods \
--reference 30k_polished3.fasta \
--mod-map-emulate-bisulfite \
--mod-map-base-conv C T \
--mod-map-base-conv Z C \
--mod-binary-threshold 0.6 \
--guppy-params "-d ./rerio/basecall_models/ --num_callers 8" \
--guppy-config res_dna_r941_min_modbases-all-context_v001.cfg \
--devices $GPUDEVICE --processes 8 \
--overwrite \
--output-directory male_pupae_head_methylated |
| Warning |
|---|
|
Aplikacija Megalodon se oslanja na Guppy basecaller koji radi isključivo s GPU procesorima. Također se oslanja na klasične procesore za paralelno učitavanje podataka pa je potrebno zadavati atribut cores . Sam broj zatraženih CPU jezgara se onda mora ispravno navoditi u num_callers i procesess parametrima aplikaciji - u primjeru je to 8. |
| Tip |
|---|
|
Aplikacija je instalirana i konfigurirana u Python virtualnom okruženju kojeg korisnik može proširiti sa svojim proizvoljnim Python aplikacijama. Nakon učitavanja modula, korisnik dodatne aplikacije instalira s: | Code Block |
|---|
pip3 install --prefix $LOCALPKGS potrebni-python-pkg |
|
Instalacija
Preduvjet za instalaciju aplikacije Megalodon jest Guppy basecaller. Potrebni CentOS RPM paket se nalazi na: https://community.nanoporetech.com/downloads . Aplikacija se također povezuje na ZeroMQ biblioteku koja je instalirana iz Software collections repozitorija dodatnih paketa sustava CentOS 7. Sam a aplikacija Megalodon se distribuira se kroz Python paketni sustav PyPI. Na klasteru je instaliran u zasebnom Python virtual environmentu.
| Code Block |
|---|
|
yum localinstall -y ont-guppy-5.0.11-1.el7.x86_64.rpm
pip3 install numpy
pip3 install ont-pyguppy-client-lib==5.0.11
pip3 install megalodon==2.3.3 |