https://github.com/davidemms/OrthoFinder
Dostupne verzije:
Verzija | Modul |
---|---|
2.3.8 | bioinfo/OrthoFinder/2.3.8 |
Primjer korištenja
Aplikacija OrthoFinder ne radi na pristupnom čvoru zbog dozvola memorije "/dev/shm" ali uredno radi na radnim čvorovima. Prilikom pokretanja poslova potrebno je staviti opciju "-t $NSLOTS" da se ne raširi po čitavom čvoru.
...
Code Block | ||||
---|---|---|---|---|
| ||||
#!/bin/bash #$ -N test #$ -cwd module load bioinfo/OrthoFinder/2.3.8 orthofinder -t $NSLOTS -f /homeapps/mbelavicbioinfo/apps/OrthoFinderOrthoFinder/2.3.8/ExampleData/ -o $PWD/test -S diamond |
Code Block |
---|
qsub OrthoFinder.sge |
...