Table of Contents |
---|
Opis
AutoDock Vina je računalno-kemijska aplikacija otvorenog koda, za molekulski docking.
Aplikacija je otvorenog koda, a radi u serijskom načinu rada.
Verzije
Verzija | Modul | Podrška | Paralelizacija | Kompajler | Supek | Padobran |
---|---|---|---|---|---|---|
1.2.5 | scientific/autodock-vina/1.2.5 | CPU | SerijskaOpenMP | GNU |
Službena dokumentacija
Napomene
Tip |
---|
Tip |
U slučaju rada s velikim brojem sličnih inputa, preporučuje se korištenje nizova (polja) poslova, danih PBS opcijom |
Primjeri
U primjeru niže, pokrenut će se niz od 6 "pod-poslova", svaki na vlastitoj procesorskoj jezgri vlastitim procesorskim jezgrama (32 kom.), i uz rezervaciju 2 32 GiB po "pod-poslu" (jezgri).
Inputi se nalaze u datotekama input_1.txt
, input_2.txt
... input_6.txt
Code Block | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
#PBS -q cpu-single #PBS -l select=1:ncpus=132:mem=2gb32gb #PBS -J 1-6:1 cd ${PBS_O_WORKDIR} module load "scientific/autodock-vina/1.2.5" vina --cpu ${OMP_NUM_THREADS} --config input_${PBS_ARRAY_INDEX}.txt |