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#PBS -q gpu
#PBS -l select=1:ngpus=1:ncpus=1

MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/amber/22-cuda

pmemd.cuda -O -i md.in -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc