...
verzija | modul | paralelizacija | uključuje PLUMED |
---|---|---|---|
2022.5 | scientific/gromacs/2022.5-gnu | MPI + OpenMP | v2.8.2 |
2023 | scientific/gromacs/ 20232022.5- gnucuda | CUDA + MPI + OpenMP | - |
Službena dokumentacija
...
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -N run-gmx #PBS -q cpu #PBS -l select=8:ncpus=4 #PBS -j oe MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/gromacs/20232022.5-gnu mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
...
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -N run-gmx #PBS -q cpu #PBS -l select=32:ncpus=1 #PBS -j oe MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/gromacs/20232022.5-gnu mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
...
Code Block | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -N run-gmx #PBS -q cpu #PBS -l select=1:ncpus=32 #PBS -j oe MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/gromacs/20232022.5-gnu gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
...