...
bwa-mem2 je novija verzija bwa-mem algoritma. Proizvodi poravnavanje (alignment) identično bwa i brži je ~1.3-3.1x ovisno u use-caseu, setu podataka i mašini na kojoj se izvodi.
Verzije
| Verzija | Modul |
|---|
| 2.2.1 | bwa-mem2/2.2.1 |
Službena dokumentacija
- https://github.com/bwa-mem2/bwa-mem2
- SRA: SRR7733443
| Code Block |
|---|
|
fastq-dump --split-files SRR7733443 |
- ref:
Primjeri
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| title | index.pbs |
|---|
| linenumbers | true |
|---|
|
#PBS -N index
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=8:mem=100GB
cd $PBS_O_WORKDIR
module load bwa-mem2
bwa-mem2 index human_g1k_v37.fasta
|
| Code Block |
|---|
| language | bash |
|---|
| title | mapping.pbs |
|---|
| linenumbers | true |
|---|
|
#PBS -N mapping
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=40:mem=100GB
cd $PBS_O_WORKDIR
module load bwa-mem2/2.2.1
bwa-mem2 mem -t $NCPUS human_g1k_v37.fasta SRR7733443_1.fastq SRR7733443_2.fastq > d4_align.sam
|
Napomene
...
