| Table of Contents |
|---|
Opis
GROMACS je računalno-kemijska aplikacija za molekulsku dinamiku (MD), a prvenstveno se koristi za simulacije makromolekula , kao što su proteini te se može smatrati besplatnom alternativom komercijalnom Amberu.
...
| verzija | modul | paralelizacijared | poslovauključuje PLUMED |
|---|---|---|---|
| 2022.5 | scientific/gromacs/2022.5-gnu | MPI + OpenMP-q cpu | v2.8.2 |
| 2023 | scientific/gromacs/2023-gnu | MPI + OpenMP | -q cpu |
Službena dokumentacija
Primjeri
| Tip |
|---|
Kad u zaglavlju PBS zaglavlju skripte definirate vrijednost varijable |
...
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -N run-gmx #PBS -q cpu #PBS -l select=8:ncpus=4 #PBS -j oe MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/gromacs/2023-gnu # Produkcijska faza gmx grompp -c npt.gro -r npt.gro -p topol.top -f md.mdp -o md.tpr mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
...
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -N run-gmx #PBS -q cpu #PBS -l select=32:ncpus=1 #PBS -j oe MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/gromacs/2023-gnu # Produkcijska faza gmx grompp -c npt.gro -r npt.gro -p topol.top -f md.mdp -o md.tpr mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} -d ${OMP_NUM_THREADS} --cpu-bind depth gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
...
Ukoliko aplikaciju želite dijeliti isključivo u OpenMP threadove, morate zatražiti jedan računalni čvor, budući da u ovom slučaju aplikacija radi s dijeljenom memorijom.
| Tip |
|---|
GROMACS će vrijednost |
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti s 32 OpenMP threada.
| Code Block | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||
#PBS -N run-gmx #PBS -q cpu #PBS -l select=1:ncpus=32 #PBS -j oe MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/gromacs/2023-gnu # Produkcijska faza gmx grompp -c npt.gro -r npt.gro -p topol.top -f md.mdp -o md.tpr gmx mdrun -pin on -v -deffnm md |
Napomene
...
Novosti i promjene
...