blobtools

Created by Marko Hrženjak, last modified by Ivan Mitrović on Dec 02, 2024

Opis

Modularno rješenje za vizualizaciju, kontrolu kvalitete i taksonomsko dijeljenje skupova podataka genoma

Verzije

Verzija	Modul	Supek	Padobran
1.1.1	scientific/blobtools/1.1.1

Službena dokumentacija

https://blobtools.readme.io/docs/what-is-blobtools

Primjer korištenja

nodesdb je instaliran unutar kontenjera
primjer je rađen prema: https://github.com/DRL/blobtools

blobtools.pbs

#!/bin/bash

#PBS -N blobtools-test
#PBS -q cpu

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/blobtools/1.1.1

blobtools.sh blobtools create -i assembly.fna -b mapping_1.sorted.bam -t blast.out  -o exam
blobtools.sh blobtools view -i exam.blobDB.json
blobtools.sh blobtools plot -i exam.blobDB.json

biologija