Opis

RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) je program za sekvencijalne i paralelne Zaključivanje velikih filogenetskih stabala temeljeno na maksimalnoj vjerojatnosti. Također se može koristiti za post- analize skupova filogenetskih stabala, analize poravnanja i evolucijskog postavljanja kratkih očitanja. Izvorno je izveden iz fastDNAml koji je pak izveden iz Joea Felsenteina dnaml koji je dio PHYLIP paketa.

Dostupne verzije

VerzijaModulSupekPadobran
8.2.13scientific/raxml/8.2.13(error) (tick) 

Službena dokumentacija

Primjer

#!/bin/bash

#PBS -N raxml-test
#PBS -l select=1:ncpus=12
#PBS -q cpu

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/raxml/8.2.13

raxml.sh raxmlHPC -PTHREADS-SSE3 -T $NCPUS -m BINGAMMA -p 12345 -s binary.phy -n T1