Opis

EUKulele je python paket koji omogućuje brzu taksonomsku oznaku metagenomskih i metatranskriptomskih podataka korištenjem pristupa posljednjeg zajedničkog pretka (LCA) za usklađivanje uzoraka s referentnom bazom podataka.

Verzije

VerzijaModulSupekPadobran
2.0.7scientific/eukulele/2.0.7(error) (tick) 

Službena dokumentacija

Primjer

  • EUKulele se može koristiti s config datotekom ili izravno pisati argumente u komandnu liniju.
  • no_busco opcija je obavezna jer busco nije instaliran u okolini EUKulele
  • svaki DB se mora posebno skidat za korištenje lokalno zbog drugačijeg diamond referenciranja
    • MMETSP
    • PhyloDB
    • EukZoo
    • EukProt
config
alignment_choice: diamond
subroutine: all
database: phylodb
mets_or_mags: mets
nucleotide_extension: .fasta
original_tax_table: taxonomy-table.txt
original_taxonomy: taxonomy-table.txt
output: out
protein_extension: .faa
protein_map: prot-map.json
ref_fasta: reference.pep.fa
reference:
samples: primjeri
CPUs: $NCPUS
no_busco: 1
euk-run.pbs
#!/bin/bash

#PBS -N Eukulele-test
#PBS -l select=1:ncpus=16:mem=60GB
#PBS -q cpu

cd $PBS_O_WORKDIR


module load scientific/eukulele/2.0.7

eukulele.sh EUKulele --config curr_config.yaml