EUKulele je python paket koji omogućuje brzu taksonomsku oznaku metagenomskih i metatranskriptomskih podataka korištenjem pristupa posljednjeg zajedničkog pretka (LCA) za usklađivanje uzoraka s referentnom bazom podataka.
Verzija | Modul | Supek | Padobran |
---|---|---|---|
2.0.7 | scientific/eukulele/2.0.7 |
alignment_choice: diamond subroutine: all database: phylodb mets_or_mags: mets nucleotide_extension: .fasta original_tax_table: taxonomy-table.txt original_taxonomy: taxonomy-table.txt output: out protein_extension: .faa protein_map: prot-map.json ref_fasta: reference.pep.fa reference: samples: primjeri CPUs: $NCPUS no_busco: 1 |
#!/bin/bash #PBS -N Eukulele-test #PBS -l select=1:ncpus=16:mem=60GB #PBS -q cpu cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/eukulele/2.0.7 eukulele.sh EUKulele --config curr_config.yaml |