Opis

DPR je softver koji implementira model regresije Dirichletovog procesa (DPR). za robusno genetsko predviđanje složenih svojstava s tipiziranim genotipovima. Dok većina postojećih GWAS modeli predviđanja koriste parametarske priorite, DPR koristi fleksibilni neparametarske prije veličine učinka SNP-a. Korištenjem neparametarskog modela DPR je prilagodljiv širokom spektru genetskih arhitektura i može postići robusno predviđanje performanse za niz složenih svojstava. DPR se može ugraditi pomoću dva komplementarna algoritmi: algoritam Monte Carlo Markovljevog lanca (MCMC) i srednja vrijednost varijacijski Bayesov (VB) aproksimacijski algoritam.


Dostupne verzije:

VerzijaModulSupekVrančić(Padobran)
1.0scientific/DPR/1.0(error) (tick) 


Primjer korištenja:

dmd.pbs
#!/bin/bash

#PBS -N DPR-test
#PBS -l select=1:mem=6GB

cd $PBS_O_WORKDIR

module load scientific/DPR/1.0

DPR -bfile example/mouse_hs1940  -gk 2 -o output




  • No labels