DPR je softver koji implementira model regresije Dirichletovog procesa (DPR). za robusno genetsko predviđanje složenih svojstava s tipiziranim genotipovima. Dok većina postojećih GWAS modeli predviđanja koriste parametarske priorite, DPR koristi fleksibilni neparametarske prije veličine učinka SNP-a. Korištenjem neparametarskog modela DPR je prilagodljiv širokom spektru genetskih arhitektura i može postići robusno predviđanje performanse za niz složenih svojstava. DPR se može ugraditi pomoću dva komplementarna algoritmi: algoritam Monte Carlo Markovljevog lanca (MCMC) i srednja vrijednost varijacijski Bayesov (VB) aproksimacijski algoritam. |
Verzija | Modul | Supek | Vrančić(Padobran) |
---|---|---|---|
1.0 | scientific/DPR/1.0 |
#!/bin/bash #PBS -N DPR-test #PBS -l select=1:mem=6GB cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/DPR/1.0 DPR -bfile example/mouse_hs1940 -gk 2 -o output |