Opis
TURBOMOLE je računalno-kemijska aplikacija općenitog tipa koja nudi širok raspon metoda, uključujući HF, DFT, RI-RPA, MP2, CC2, CCSD i druge. Omogućava proračune elektronske strukture molekula i materijala, NMR parametara, energija aktivacije reakcije i drugih svojstava.
Može se koristiti za proračune malih organskih molekula, kompleksnih biomolekula, kao i za proračune u čvrstom stanju.
TURBOMOLE je zatvorenog koda, a može se paralilizirati na OpenMP ili MPI razini.
Verzije
| verzija | modul | podrška | paralelizacija |
|---|---|---|---|
| 7.7 | scientific/turbomole/7.7 | CPU | OpenMP, MPI |
Službena dokumentacija
Primjeri
OpenMP
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti sa 4 OpenMP threada.
Za pripremu ulaznih podataka, odnosno input datoteka, korišten je programski paket TmoleX u demo verziji.
Niže je jednostavan primjer PBS skripte koja će koristiti 4 procesorske jezgre, odnosno 4 OpenMP threada.
Bash skripta
#!/bin/bash module load scientific/turbomole/7.7 export PARA_ARCH=SMP export PARNODES=4 export PATH=$TURBODIR/bin/`sysname`:$PATH export PERL_BADLANG=0 jobex -level scf -ri -c 50 -energy 6 -gcart 3