Verzija | Modul |
---|---|
14-7e284 | bioinfo/MMseqs2/14-7e284 |
Korištenje
Primjer 1.
easy-search
#!/bin/bash #$ -N mmseq2-test #$ -cwd #$ -pe p28-mpifull 20 module load bioinfo/MMseqs2/14-7e284 RUNNER="mpirun -np $NSLOTS" mmseqs easy-search examples/QUERY.fasta examples/DB.fasta alnRes.m8 --threads 1 tmp
Napomena
Apllikacija koristi mpirun, stoga je potrebno paziti na broj traženih jezgri. Vodi se kao np x threads.
Instalacija
- Korišten je prevodioc gcc/9
- Za mpi je korišten mpi/openmpi41-intel-x86_64
Instalacija
module load gcc/9 module load mpi/openmpi41-x86_64 git clone https://github.com/soedinglab/MMseqs2.git cd MMseqs2/ mkdir build cmake3 CMakeLists.txt -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/mhrzenja/mmseqs2/MMseqs2/build -DHAVE_AVX2=1 -DHAVE_MPI=1 make make install