Opis
SHARC je računalno-kemijska aplikacija; ab initio MD programski paket razvijen za proučavanje dinamike pobuđenog stanja molekula.
SHARC radi u "suradnji" s drugim aplikacijama, tj. ima sučelja s drugim programima kao što su MOLCAS, ORCA, Gaussian, TURBOMOLE, Molpro, BAGEL i dr.
Zbog složenijih ovisnosti, aplikacija je pripremljenu u kontejneru, prilikom čega je za potrebe pod-programa pysharc unutar kontejnera pripremljeno i conda virtualno okruženje.
Verzije
Verzija | Modul | Podrška | Prevodioc | Matematičke knjižnice |
---|---|---|---|---|
3.0.1 | scientific/sharc/3.0.1-gnu | CPU | GNU (11.3.0) | BLAS, LAPACK, FFTW3 |
Službena dokumentacija
Primjer
Zbog "kontejnerskog" načina pripreme, svim SHARC naredbama prethodi wrapper naredba sharc-run
.
Jednostavan primjer za pokretanje posla možete preuzeti na linku sharc-gaussian.zip.
Osnovna struktura radnog direktorija (iz zipanog primjera) sastoji se od sljedećih datoteka/direktorija:
input
- SHARC ulazna datoteka koji sadrži postavke te imena ostalih ulaznih datoteka (geometry, velocity, ...).geom
- datoteka koji sadrži inicijalnu geometriju molekule (simboli, naboji te x, y i z koordinate)veloc
- datoteka koja sadrži inicijalne brzineQM/
GAUSSIAN.resources
- datoteka sučelja; sadrži postavke kao što su korišteni resursi, putanje, varijable i dr. (ovdje se primjerice definira i varijabla broja jezgara tj.ncpu
)GAUSSIAN.template
- datoteka sučelja (dodatna ulazna datoteka) koja sadrži dodatne postavke za izračun elektronske strukturerunQM.sh
- jednostavna skripta karakteristična za sučelje s kojim SHARC radi (npr.SHARC_GAUSSIAN.py
); čita datotekuQM.in
te kreira datotekuQM.out
sharc.pbs
- SGE skripta za podnošenje posla
Potrebno je uskladiti količinu zatraženih resursa (iz PBS skripte) s količinom korištenih resursa u (iz *.resources
datoteke).
#/bin/bash #PBS -q cpu #PBS -l ncpus=8 cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/sharc/3.0.1-gnu export GAUSSIAN="/apps/scientific/gaussian/16-C01/g16" export SCRADIR="${PBS_O_WORKDIR}/scratch" sed -i "s,ncpu .*,ncpu ${NCPUS}," QM/GAUSSIAN.resources sharc-run sharc.x input