Opis

SHARC je računalno-kemijska aplikacija; ab initio MD programski paket razvijen za proučavanje dinamike pobuđenog stanja molekula.

SHARC radi u "suradnji" s drugim aplikacijama, tj. ima sučelja s drugim programima kao što su MOLCAS, ORCA, Gaussian, TURBOMOLE, Molpro, BAGEL i dr.

Zbog složenijih ovisnosti, aplikacija je pripremljenu u kontejneru, prilikom čega je za potrebe pod-programa pysharc unutar kontejnera pripremljeno i conda virtualno okruženje.

Verzije

Službena dokumentacija

• Praktični vodič
• Priručnik

Primjer

Jednostavan primjer za pokretanje posla možete preuzeti na linku sharc-gaussian.zip.

Osnovna struktura radnog direktorija (iz zipanog primjera) sastoji se od sljedećih datoteka/direktorija:

• input - SHARC ulazna datoteka koji sadrži postavke te imena ostalih ulaznih datoteka (geometry, velocity, ...).
• geom - datoteka koji sadrži inicijalnu geometriju molekule (simboli, naboji te x, y i z koordinate)
• veloc - datoteka koja sadrži inicijalne brzine
• QM/
  • GAUSSIAN.resources - datoteka sučelja; sadrži postavke kao što su korišteni resursi, putanje, varijable i dr. (ovdje se primjerice definira i varijabla broja jezgara tj. ncpu)
  • GAUSSIAN.template - datoteka sučelja (dodatna ulazna datoteka) koja sadrži dodatne postavke za izračun elektronske strukture
  • runQM.sh - jednostavna skripta karakteristična za sučelje s kojim SHARC radi (npr. SHARC_GAUSSIAN.py); čita datoteku QM.in te kreira datoteku QM.out
• sharc.pbs - SGE skripta za podnošenje posla

#/bin/bash

#PBS -q cpu
#PBS -l ncpus=8

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/sharc/3.0.1-gnu

export GAUSSIAN="/apps/scientific/gaussian/16-C01/g16"
export SCRADIR="${PBS_O_WORKDIR}/scratch"

sed -i "s,ncpu .*,ncpu ${NCPUS}," QM/GAUSSIAN.resources

sharc-run sharc.x input