Opis
Amber je računalno-kemijska aplikacija za molekulsku dinamiku (MD), a prvenstveno se koristi za simulacije makromolekula.
Amber se prvenstveno temelji na klasičnoj mehanici, što znači da koristi jednadžbe gibanja klasične mehanike za izračunavanje kretanja molekule i njihovih segmenata. MD simulacije mogu pružiti informacije o ponašanju i svojstvima molekula, poput njihovih konformacija, energija i interakcija s drugim molekulama.
Amber je komercijalna aplikacija, a podržava hibridnu paralelizaciju, MPI + OpenMP, kao i upotrebu grafičkih procesora koji značajno ubrzavaju MD izračune.
Verzije
verzija | modul | podrška | paralelizacija |
---|---|---|---|
22 | scientific/amber/22-gnu | CPU | MPI + OpenMP |
22 | scientific/amber/22-cuda | GPU + CPU | MPI + OpenMP |
Službena dokumentacija
Primjeri
CPU
U primjeru niže, aplikaciji će se dodijeliti 16 CPU jezgara.
#PBS -q cpu #PBS -l select=16 cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/amber/22-gnu mpiexec sander.MPI -A -i md.mdin -p 4LYT.parm7 -c 4LYT.heat.rst7 -cpin 4LYT.cpin -o 4LYT.equil.mdout -cpout 4LYT.equil.cpout -r 4LYT.equil.rst7 -x 4LYT.equil.nc -cprestrt 4LYT.equil.cpin
GPU
Aplikaciju možete paralelizirati korištenjem jednog ili više grafičkih procesora.
Single GPU
U primjeru niže, aplikaciji će se dodijeliti 1 GPU i 1 CPU jezgra.
#PBS -q gpu #PBS -l select=1:ngpus=1:ncpus=1 MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/amber/22-cuda pmemd.cuda -O -i md.in -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc
Multi GPU
U primjeru niže, aplikacija će stvoriti 2 MPI procesa, pri čemu će se svakom MPI procesu dodijeliti 1 GPU i 1 CPU jezgra.
#PBS -q gpu #PBS -l select=2:ngpus=1:ncpus=1 cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/amber/22-cuda mpiexec pmemd.cuda.MPI -O -i md.in -p RAMP1.prmtop -c RAMP1_eq7.rst7 -ref RAMP1_eq7.rst7 -o RAMP1_md.out -r RAMP1_md.rst7 -x RAMP1_md.nc