Dostupne verzije i pripadajući moduli

VerzijaModul
2.5.53module load bioinfo/hyphy/2.5.53


Korištenje

Paralelizacija aplikacije HyPhy moguća je sa OpenMP i MPI.

U slučaju korištenja OpenMP paralelizacije potrebno je koristiti mpisingle paralelnu okolinu!

Primjeri:

OpenMP paralelizacija
#!/bin/bash
#$ -N hyphy_OMP 
#$ -cwd
#$ -pe *mpisingle 8 

module load bioinfo/hyphy/2.5.53

export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS

hyphy slac --alignment HIV.nex


MPI paralelizacija
#!/bin/bash
#$ -N hyphy_MPI
#$ -cwd
#$ -pe *mpi 8 

module load bioinfo/hyphy/2.5.53

mpirun -np $NSLOTS HYPHYMPI slac --alignment HIV.nex





  • No labels