Dostupne verzije i pripadajući moduli
Verzija | Modul |
---|---|
2.5.53 | module load bioinfo/hyphy/2.5.53 |
Paralelizacija aplikacije HyPhy moguća je sa OpenMP i MPI.
U slučaju korištenja OpenMP paralelizacije potrebno je koristiti mpisingle paralelnu okolinu! |
#!/bin/bash #$ -N hyphy_OMP #$ -cwd #$ -pe *mpisingle 8 module load bioinfo/hyphy/2.5.53 export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS hyphy slac --alignment HIV.nex |
#!/bin/bash #$ -N hyphy_MPI #$ -cwd #$ -pe *mpi 8 module load bioinfo/hyphy/2.5.53 mpirun -np $NSLOTS HYPHYMPI slac --alignment HIV.nex |