Korištenje
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 4.1.5 | siesta/4.1.5 |
Instalacija
Programski paket SIESTA je pripremljen s kompajlerom Intel 2019, Intel MKL Scalapack i MPI implementacijom OpenMPI 3.1.4. Instalacija je obavljena dopremanjem izvornog koda, učitavanjem potrebnih modula za kompajler i MPI paralelizaciju te kompajliranjem samog paketa.
Izvorni kod se može pronaći na sjedištu: https://gitlab.com/siesta-project/siesta
Dopremanje izvornog koda i otpakiranje
wget -c https://gitlab.com/siesta-project/siesta/-/package_files/6659062/download -O siesta-4.1.5.tar.gz tar -v -xzf siesta-4.1.5.tar.gz
Priprema
cd siesta-4.1.5/Obj/ sh ../Src/obj_setup.sh cp intel.make arch.make module load mpi/openmpi31-intel-x86_64
Datoteku arch.make je potrebno editirati i dodati postavke za MPI paralelizaciju i Intel kompajler:
arch.make
# parallel compile @ Isabella CC = mpicc FPP = $(FC) -E -P FC = mpifort FC_SERIAL = ifort FFLAGS = -O2 -fPIC -fp-model source -qopenmp MPI_INTERFACE=libmpi_f90.a MPI_INCLUDE=. FPPFLAGS += -DMPI -qopenmp LIBS += -qopenmp -mkl=parallel -i8 -lmkl_core -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_openmpi_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_blas95_lp64 LIBS += -L/apps/netcdf-c/4.7.4/lib/ -L/apps/netcdf-fortran/4.5.3/lib/ -L/apps/hdf5/1.12.0/lib/ -lnetcdff -lnetcdf -lhdf5_fortran -lhdf5 -lz # fdict COMP_LIBS += libfdict.a # ncdf COMP_LIBS += libncdf.a FPPFLAGS += -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL FFLAGS += -I/apps/netcdf-fortran/4.5.3/include/ # metis LIBS += -L/apps/metis/5.1.0/lib/ -lmetis FPPFLAGS += -DSIESTA__METIS # elpa LIBS += -L/apps/elpa/2020.11.001/avx2/lib/ -lelpa FPPFLAGS += -DSIESTA__ELPA -I/apps/elpa/2020.11.001/avx2/include/elpa-2020.11.001/modules
Kompajliranje
make -j8 cp siesta /apps/siesta/4.1.5/