Korisničke aplikacije i knjižnice

Modulefiles

Na računalnom klasteru Isabella koristi se alat Modulefiles za podršku instalacije više različitih verzija istih programa. Za svaku verziju dostupnog programa pripremljen je modul u kojem je definirano koje varijable okoline se postavljaju prilikom aktivacije modula. Osnovna naredba za rad s Modulefiles je module. Sve izmjene nad varijablama okoline odnose se isključivo za aktivnu sesiju, odnosno za pokrenuti posao. Stoga je module potrebno aktivirati kod svakog podnošenja posla.

Popis dostupnih modula može se dobiti naredbom:

module avail

Ili popis programa za određeni alat, npr mpi:

module avail mpi

Akiviranje modula, odnosno postavljanje potrebnih varijable okoline:

module load ime_modula

Izmjena aktivne verzije modula:

module switch ime_modula nova_verzija

konkretan primjer izmjene MPI okoline:

# module load mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64
# which mpicc
/usr/lib64/mvapich2-intel-2.2/bin/mpicc
# module switch mpi mpi/openmpi3-intel-x86_64
# which mpicc
/usr/lib64/openmpi3-intel/bin/mpicc

Pregled svih aktivnih modula za koje je prethodno izvedena naredba load ili koji su učitani od strane drugog modula:

module list

Deaktivacija modula, odnosno uklanjanje varijabli okoline postavljenih od određenog modula:

module unload ime_modula

Deaktivacija svih modula:

module purge

Pregled akcija nad varijablama okoline koje određeni modul izvršava:

module show ime_modula

Intel

U tablici su navedene dostupne verzije Intel prevodilaca i pripadni moduli. Preporuča se korištenje najnovije verzije - Intel 2019.

Za prevođenja pograma koriste se:

• icc - prevodilac za C
• ifort - prevodilac za Fortran.

Instalirane su i matematičke knjižnice Intel MKL (engl. Math Kernel Library) koje se nalaze u $MKLROOT. Upute za korištenje knjižnica: MKL Developer Guide. Parametri za prevođenje u paralelnih aplikacija u Fortranu:

export FFLAGS="-i8 -I${MKLROOT}/include/intel64/ilp64 -I${MKLROOT}/include"
export FCFLAGS=$FFLAGS
export LIBS="${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_blas95_ilp64.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_lapack95_ilp64.a -L${MKLROOT}/lib/intel64 -lmkl_scalapack_ilp64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_ilp64 -lpthread -lm -ldl"

Koristan link za prevođenje aplikacija s korištenjem knjižnica Intel MKL: Intel MKL link advisor.

GCC

Različite verzije GNU C i C++ prevodilaca su na klaster instalirane iz Software Collections repozitorija.

U tablici su navedene dostupne verzije GNU C i C++ prevodilaca i pripadni moduli.

Primjer:

module load gcc/8
gcc -v
Using built-in specs.
COLLECT_GCC=gcc
COLLECT_LTO_WRAPPER=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/libexec/gcc/x86_64-redhat-linux/8/lto-wrapper
Target: x86_64-redhat-linux
Configured with: ../configure --enable-bootstrap --enable-languages=c,c++,fortran,lto --prefix=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr --mandir=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/share/man --infodir=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/share/info --with-bugurl=http://bugzilla.redhat.com/bugzilla --enable-shared --enable-threads=posix --enable-checking=release --enable-multilib --with-system-zlib --enable-__cxa_atexit --disable-libunwind-exceptions --enable-gnu-unique-object --enable-linker-build-id --with-gcc-major-version-only --with-linker-hash-style=gnu --with-default-libstdcxx-abi=gcc4-compatible --enable-plugin --enable-initfini-array --with-isl=/builddir/build/BUILD/gcc-8.2.1-20180905/obj-x86_64-redhat-linux/isl-install --disable-libmpx --enable-gnu-indirect-function --with-tune=generic --with-arch_32=x86-64 --build=x86_64-redhat-linux
Thread model: posix
gcc version 8.2.1 20180905 (Red Hat 8.2.1-3) (GCC)

MPI

U tablici su navedene dostupne verzije knjižnica MPI i pripadni moduli. Preporuča se korištenje verzija pripremljenih s Intel prevodiocima.

MVAPICH2

Primjer pokretanja aplikacije prevedene s MVAPICH2 2.2:

module load mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64
mpirun_rsh -np $NSLOTS -hostfile $TMPDIR/machines -export-all applikacija

OpenMPI

Primjer pokretanja aplikacije prevedene s OpenMPI 3:

module load mpi/openmpi3-intel-x86_64
mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines applikacija

Korisničke aplikacije

Informacije o korisničkim aplikacijama koje održava Srce možete pronaći na stranicama: