https://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/data-software/
Dostupne verzije:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 2.9.0 | bioinfo/NCBI-BLAST++/2.9.0 |
| 2.10.0 | bioinfo/NCBI-BLAST++/2.10.0 |
Primjer korištenja
program.sge
module load bioinfo/NCBI-BLAST++/2.10.0 blastp -help
BLAST Databases v5 nalazi se na putanji /apps/bioinfo/NCBI-BLAST++/BlastDB/v5 te se pridružuje varijabli "BLASTDB" prilikom učitavanja modula. Ukoliko želi koristiti BlastDB v4 učitajte module BLASTDBv4 "module load bioinfo/BLASTDB/v4".
U ovisnosti o načinu pokretanja, aplikacija može koristi značajne količine radne memorije te se preporučuje korištenje parametra "#$ -l exclusive=1".
Testni primjer aplikacije.
blast.sge
#!/bin/bash #$ -N blast #$ -cwd #$ -pe *mpi 8 #$ -l exclusive=1 module load bioinfo/NCBI-BLAST++/2.10.0 blastp -db $BLASTDB/nr -query seq.fasta -num_threads $NSLOTS -out seq.out
qsub blast.sge
Parametri instalacije aplikacije
Prevođenje:
module load intel/2019 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-src.tar.gz tar -xvf ncbi-blast-2.10.0+-src.tar.gz cd ~/ncbi-blast-2.10.0+-src/c++/compilers/unix ./ICC.sh cd ../../ReleaseMT/build make all_r -j 4 ./install.sh ncbi-blast-bin --srcdir=. # preuzimanje baze blastdp cd /apps/bioinfo/NCBI-BLAST++/BlastDB update_blastdb.pl --blastdb_version 4 nr --decompress cd /apps/bioinfo/NCBI-BLAST++/BlastDB/v5 update_blastdb.pl --blastdb_version 5 nr --decompress