https://github.com/linzhi2013/MitoZ
Koristi se Singularity kontejner:
$ singularity pull --name MitoZ.simg shub://linzhi2013/MitoZ:v2.3
Dostupne verzije su:
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 2.3 | MitoZ/2.3 |
Primjer korištenja
Pomoću wrappera MitoZ
module load MitoZ/2.3 MitoZ --help
Pomoću pune putanje
singularity exec /apps/MitoZ/2.3/MitoZ.simg python3 /app/release_MitoZ_v2.3/MitoZ.py --help
Test run
#!/bin/bash #$ -N MizoZ #$ -cwd #$ -pe *mpi 4 module load MitoZ/2.3 cp /apps/MitoZ/2.3/test/test.1.fq.gz . cp /apps/MitoZ/2.3/test/test.2.fq.gz . fq1=test.1.fq.gz fq2=test.2.fq.gz outprefix=test MitoZ all2 \ --genetic_code 5 \ --clade Arthropoda \ --insert_size 250 \ --thread_number 4 \ --fastq1 $fq1 \ --fastq2 $fq2 \ --outprefix $outprefix \ --fastq_read_length 125 \ 1>m.log 2>m.err