Korisničke aplikacije i knjižnice

Modulefiles

Na računalnom klasteru Isabella koristi se alat Modulefiles za podršku instalacije više različitih verzija istih programa. Za svaku verziju dostupnog programa pripremljen je modul u kojem je definirano koje varijable okoline se postavljaju prilikom aktivacije modula. Osnovna naredba za rad s Modulefiles je module. Sve izmjene nad varijablama okoline odnose se isključivo za aktivnu sesiju, odnosno za pokrenuti posao. Stoga je module potrebno aktivirati u kod svakog podnošenja posla.

Popis dostupnih modula može se dobiti naredbom:

module avail

Ili popis programa za određeni alat, npr mpi:

module avail mpi

Akiviranje modula, odnosno postavljanje potrebnih varijable okoline:

module load ime_modula

Izmjena aktivne verzije modula:

module switch ime_modula nova_verzija

konkretan primjer izmjene MPI okoline:

# module load mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64
# which mpicc
/usr/lib64/mvapich2-intel-2.2/bin/mpicc
# module switch mpi mpi/openmpi3-intel-x86_64
# which mpicc
/usr/lib64/openmpi3-intel/bin/mpicc

Pregled svih aktivnih modula za koje je prethodno izvedena naredba load ili koji su učitani od strane drugog modula:

module list

Deaktivacija modula, odnosno uklanjanje varijabli okoline postavljenih od određenog modula:

module unload ime_modula

Deaktivacija svih modula:

module purge

Pregled akcija nad varijablama okoline koje određeni modul izvršava:

module show ime_modula

Intel

U tablici su navedene dostupne verzije Intel prevodilaca i pripadni moduli. Preporuča se korištenje najnovije verzije - Intel 2019.

Za prevođenja pograma koriste se:

• icc - prevodilac za C
• ifort - prevodilac za Fortran.

Instalirane su i matematičke knjižnice Intel MKL (engl. Math Kernel Library) koje se nalaze u $MKLROOT. Upute za korištenje knjižnica: MKL Developer Guide. Parametri za prevođenje u paralelnih aplikacija u Fortranu:

export FFLAGS="-i8 -I${MKLROOT}/include/intel64/ilp64 -I${MKLROOT}/include"
export FCFLAGS=$FFLAGS
export LIBS="${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_blas95_ilp64.a ${MKLROOT}/lib/intel64/libmkl_lapack95_ilp64.a -L${MKLROOT}/lib/intel64 -lmkl_scalapack_ilp64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_ilp64 -lpthread -lm -ldl"

Koristan link za prevođenje aplikacija s korištenjem knjižnica Intel MKL: Intel MKL link advisor.

GCC

Različite verzije GNU C i C++ prevodilaca su na klaster instalirane iz Software Collections repozitorija.

U tablici su navedene dostupne verzije GNU C i C++ prevodilaca i pripadni moduli.

Primjer:

module load gcc/8
gcc -v
Using built-in specs.
COLLECT_GCC=gcc
COLLECT_LTO_WRAPPER=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/libexec/gcc/x86_64-redhat-linux/8/lto-wrapper
Target: x86_64-redhat-linux
Configured with: ../configure --enable-bootstrap --enable-languages=c,c++,fortran,lto --prefix=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr --mandir=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/share/man --infodir=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/share/info --with-bugurl=http://bugzilla.redhat.com/bugzilla --enable-shared --enable-threads=posix --enable-checking=release --enable-multilib --with-system-zlib --enable-__cxa_atexit --disable-libunwind-exceptions --enable-gnu-unique-object --enable-linker-build-id --with-gcc-major-version-only --with-linker-hash-style=gnu --with-default-libstdcxx-abi=gcc4-compatible --enable-plugin --enable-initfini-array --with-isl=/builddir/build/BUILD/gcc-8.2.1-20180905/obj-x86_64-redhat-linux/isl-install --disable-libmpx --enable-gnu-indirect-function --with-tune=generic --with-arch_32=x86-64 --build=x86_64-redhat-linux
Thread model: posix
gcc version 8.2.1 20180905 (Red Hat 8.2.1-3) (GCC)

MPI

U tablici su navedene dostupne verzije knjižnica MPI i pripadni moduli. Preporuča se korištenje verzija pripremljenih s Intel prevodiocima.

MVAPICH2

Primjer pokretanja aplikacije prevedene s MVAPICH2 2.2:

module load mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64
mpirun_rsh -np $NSLOTS -hostfile $TMPDIR/machines -export-all applikacija

OpenMPI

Primjer pokretanja aplikacije prevedene s OpenMPI 3:

module load mpi/openmpi3-intel-x86_64
mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines applikacija

Korisničke aplikacije

Informacije o korisničkim aplikacijama koje održava Srce možete pronaći na stranicama: