You are viewing an old version of this page. View the current version.

Compare with Current View Page History

« Previous Version 21 Next »

Na Isabelli su dostupna tri poslužitelja Dell EMC PowerEdge C4140 s po:

  • 4 grafička procesora NVIDIA Tesla V100-SXM2-16GB
  • 2 procesora Intel Xeon Silver 4114 s ukupno 20 procesorskih jezgri

  • 384 GB radne memorije
  • Lokalnog spremišta od 3.2 TB NVMe SSD diska

Instalirani su NVIDIA alati i biblioteke:

  • CUDA (verzije 9.0 i 10.0)
  • cuDNN 7.3.1
  • NCCL 2.3.5.

Pripremljeni su moduli za dostupne verzije CUDA Toolkita koji postavljaju sve CUDA varijable okoline:

VerzijaModul
9.0cuda/9-0
10.0cuda/10-0

Pokretanje poslova

U nastavku je opisano podnošenje tipičnih aplikacija koji koriste grafičke procesore. Više informacija o pokretanju poslova možete pronaći na stranici Pokretanje i upravljanje poslovima, a o korištenju pojedinih aplikacija na Korisničke aplikacije i knjižnice.

U svakom opisu posla obavezno treba koristiti cuda-wrapper.sh, kao u primjerima u nastavku.

Korištenje jednog grafičkog procesora

Za pokretanje poslova koji zahtijevaju jedan grafički procesor potrebno je u opisu posla postaviti:

#$ -pe gpu 1

cuda-wrapper.sh aplikacija

Korištenje više grafičkih procesora na jednom čvoru

Za pokretanje poslova koji zahtijevaju više grafičkih procesora na jednom čvoru potrebno je koristiti paralelnu okolinu gpusingle te željeni broj grafičkih procesora (maksimalno 4):

#$ -pe gpusingle 4

cuda-wrapper.sh aplikacija

Korištenje više grafičkih procesora na više čvorova

Korištenje više grafičkih procesora na više čvorova moguće je pomoću knjižnica MPI moduli prevedenih s podrškom za CUDA-u:

VerzijaPrevodilacVerzija CUDA-eModul
MVAPICH2.2Intel 20179.0mpi/mvapich2-intel2017-cuda90-2.2-x86_64
MVAPICH2.2Intel 201810.0mpi/mvapich2-intel2018-cuda-2.2-x86_64
OpenMPI 1.10.7Intel 201910.0mpi/openmpi-intel-cuda-x86_64
OpenMPI 3.0.0Intel 201910.0mpi/openmpi3-intel-cuda-x86_64

U opisu je moguće koristiti sve tri paralelne okoline:

#$ -cwd
#$ -pe gpu 8

module load <mpi modul>

mpirun -np $NSLOTS cuda-wrapper.sh aplikacija


U slučaju korištenja OpenMPI modula:

#$ -cwd
#$ -pe gpu 8

module load <mpi modul>

mpirun -np $NSLOTS -bind-to none cuda-wrapper.sh aplikacija

Korištenje cijelih čvorova s grafičkim procesorima

Za pokretanje poslova koji zahtijevaju cijele čvorove potrebno je koristiti paralelnu okolinu gpufull te željeni broj grafičkih procesora (mora biti djelitelj broja 4). Primjer skripte za zauzimanje dva čvora:

#$ -pe gpufull 8

module load <mpi modul>

mpirun -np $NSLOTS cuda-wrapper.sh aplikacija

Korištenje više procesorskih jezgri

Raspoređivač poslova pretpostavljeno svakom poslu na grafičkim procesorima pridjeljuje jednu CPU jezgru. Ukoliko je potrebno, moguće je tražiti veći broj jezgara:

#$ -l cores <broj_jezgri>

BITNO:

  • navedeni broj se odnosi na broj procesorskih jezgri po zahtijevanom grafičkom procesoru. Ukoliko korisnički posao zahtijeva 6 grafičkih procesora i 24 procesorske jezgre potrebno je navesti:
#$ -pe gpu 6
#$ -l cores=4

cuda-wrapper.sh aplikacija
  • čvorovi raspolažu s 20 procesorskih jezgri pa je to potrebno uzeti u obzir prilikom navodjenja parametra
  • prilikom korištenja cijelih čvorova nije potrebno navoditi ovaj parametar
  • No labels