You are viewing an old version of this page. View the current version.

Compare with Current View Page History

« Previous Version 17 Next »

Modulefiles

Na računalnom klasteru Isabella koristi se alat Modulefiles za podršku instalacije više različitih verzija istih programa. Za svaku verziju dostupnog programa pripremljen je modul u kojem je definirano koje varijable okoline se postavljaju prilikom aktivacije modula. Osnovna naredba za rad s Modulefiles je module. Sve izmjene nad varijablama okoline odnose se isključivo za aktivnu sesiju, odnosno za pokrenuti posao. Stoga je module potrebno aktivirati u kod svakog podnošenja posla.

Popis dostupnih modula može se dobiti naredbom:

module avail

Ili popis programa za određeni alat, npr mpi:

module avail mpi

Akiviranje modula, odnosno postavljanje potrebnih varijable okoline:

module load ime_modula

Izmjena aktivne verzije modula:

module switch ime_modula nova_verzija

konkretan primjer izmjene MPI okoline:

# module load mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64
# which mpicc
/usr/lib64/mvapich2-intel-2.2/bin/mpicc
# module switch mpi mpi/openmpi3-intel-x86_64
# which mpicc
/usr/lib64/openmpi3-intel/bin/mpicc

Pregled svih aktivnih modula za koje je prethodno izvedena naredba load ili koji su učitani od strane drugog modula:

module list

Deaktivacija modula, odnosno uklanjanje varijabli okoline postavljenih od određenog modula:

module unload ime_modula

Deaktivacija svih modula:

module purge

Pregled akcija nad varijablama okoline koje određeni modul izvršava:

module show ime_modula

Intel

U tablici su navedene dostupne verzije Intel prevodioca i pripadni moduli. Preporuča se korištenje najnovije verzije - Intel 2019.

VerzijaModul
Intel 2019intel/2019
Intel 2018intel/2018
Intel 2017intel/2017

MPI

U tablici su navedene dostupne verzije knjižnica MPI i pripadni moduli. Preporuča se korištenje verzija pripremljenih s Intel prevodiocima.

VerzijaPrevodilacModul
MVAPICH2 2.0GNU 4.8.5

mpi/mvapich2-2.0-x86_64

mpi/mvapich2-x86_64

MVAPICH2 2.2GNU 4.8.5mpi/mvapich2-2.2-x86_64
MVAPICH2 2.0Intel 2019

mpi/mvapich2-intel-2.0-x86_64

mpi/mvapich2-intel-x86_64

MVAPICH2 2.2Intel 2019mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64
OpenMPI 1.10GNU 4.8.5mpi/openmpi-x86_64
OpenMPI 3.0GNU 4.8.5mpi/openmpi3-x86_64
OpenMPI 1.10Intel 2019mpi/openmpi-intel-x86_64
OpenMPI 2.1Intel 2017openmpi21-intel-x86_64
OpenMPI 3.0Intel 2019mpi/openmpi3-intel-x86_64

MVAPICH2

Primjer pokretanja aplikacije prevedene s MVAPICH2 2.2:

module load mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64
mpirun_rsh -np $NSLOTS -hostfile $TMPDIR/machines applikacija

OpenMPI

Primjer pokretanja aplikacije prevedene s OpenMPI 3:

module load mpi/openmpi3-intel-x86_64
mpirun -np $NSLOTS -machinefile $TMPDIR/machines applikacija

Abinit

Abinit je preveden s Intel 2019 i MVAPICH2 2.2 i parametrima:

export FCFLAGS="-O2 -DLINUX -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -ffree-line-length-0"
export CFLAGS="-O2 -DLINUX -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE"
export CXXFLAGS=$CFLAGS
export CPPFLAGS=$CFLAGS
./configure CC=mpicc CXX=mpicxx FC=mpif90 FCFLAGS="-O2" CFLAGS="-O2" CXXFLAGS="-O2" --with-fc-vendor=intel -with-fft-flavor=fftw3-mkl --with-fft-libs="-lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core" --with-linalg-flavor=mkl --enable-mpi --with-mpi-prefix=/usr/lib64/mvapich2-intel-2.2 --enable-64bit-flags --disable-debug --with-dft-flavor="none" --with-trio-flavor="none" --enable-mpi-inplace --enable-mpi-ioDostupne verzije su:

Dostupne verzije su:

VerzijaModul
8.8.4abinit/8.8.4

Primjer korištenja:

module load abinit/8.8.4
mpirun_rsh -np $NSLOTS -hostfile $TMPDIR/machines abinit -i input_files

Gaussian

Svim zaposlenicima i suradnicima Sveučilišta u Zagrebu dostupan je Gaussian. Na Isabelli su instalirane tri verzije:

  • Gaussian 3
  • Gaussian 9 verzija D01
  • Gaussian 16 verzija A03

Za Gaussian nisu pripremljeni moduli nego se pokreće pomoću pripremljenih skripti:

  • /usr/local/bin/dog03-64
  • /usr/local/bin/dog09
  • /usr/local/bin/dog16

Bitno: nužno je koristiti paralelne okoline *mpisingle.

Gromacs

Quantum Espresso je preveden s Intel 2019 i MVAPICH2 2.2 i parametrima:


export CFLAGS="-O3 -I/opt/intel/mkl/include/intel64/ilp64 -I/opt/intel/mkl/include -I/opt/intel/mkl/include/fftw"

export LIBS="-O3 /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_blas95_ilp64.a /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_lapack95_ilp64.a -L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -lmkl_scalapack_ilp64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_ilp64 -lpthread -lm -ldl"

export DEFOPTS="-DGMX_BUILD_MDRUN_ONLY=on -D BUILD_SHARED_LIBS=OFF -DCMAKE_SKIP_RPATH:BOOL=ON -DCMAKE_SKIP_BUILD_RPATH:BOOL=ON -DGMX_X11=ON -DCMAKE_C_FLAGS_RELEASE= -DCMAKE_CXX_FLAGS_RELEASE= -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr -DGMX_FFT_LIBRARY=mkl -DGMX_SIMD=None"

export CC=mpicc

export CXX=mpicxx

export F77=mpif77

export F90=mpif90

export FC=mpif90


Dostupne verzije su:

VerzijaModul
2018.3gromacs/2018.3

Primjer korištenja:

module load gromacs/2018.4
mpirun_rsh -np $NSLOTS -hostfile $TMPDIR/machines mdrun ...

Quantum Espresso

Quantum Espresso je preveden s Intel 2019 i MVAPICH2 2.2 i parametrima:

export LIBMPI=-lmpich
export CC=icc
export CXX=icc
export FC=ifort
export MPIF90=mpif90
export FCFLAGS='-I/opt/intel/mkl/include/intel64/ilp64 -I/opt/intel/mkl/include -I/opt/intel/mkl/include/fftw'
export CFLAGS='-I/opt/intel/mkl/include/intel64/ilp64 -I/opt/intel/mkl/include -I/opt/intel/mkl/include/fftw'
export FFLAGS='-I/opt/intel/mkl/include/intel64/ilp64 -I/opt/intel/mkl/include -I/opt/intel/mkl/include/fftw'
export MPI_LIBS='-L/usr/lib64/mvapich2-intel-2.2/lib -lmpich'
export BLAS_LIBS='-L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_ilp64 -lpthread -lm -ldl'
export LAPACK_LIBS='/opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_blas95_ilp64.a /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_lapack95_ilp64.a -L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -lmkl_scalapack_ilp64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_ilp64 -lpthread -lm -ldl'
export FFT_LIBS='/opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_blas95_ilp64.a /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_lapack95_ilp64.a -L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -lmkl_scalapack_ilp64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_ilp64 -lpthread -lm -ldl'
export SCALAPACK_LIBS='/opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_blas95_ilp64.a /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_lapack95_ilp64.a -L/opt/intel/mkl/lib/intel64 -lmkl_scalapack_ilp64 -lmkl_intel_ilp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lmkl_blacs_intelmpi_ilp64 -lpthread -lm -ldl'
./configure --enable-parallel --with-scalapack=intel

Dostupne verzije su:

VerzijaModul
5.4.0quantum-espresso/5.4.0
6.3

quantum-espresso/6.3

Primjer korištenja:

module load quantum-espresso/6.3
mpirun_rsh -np $NSLOTS -hostfile $TMPDIR/machines pw.x ...



  • No labels