Korisničke aplikacije i knjižnice

Modulefiles

Na računalnom klasteru Isabella koristi se alat Modulefiles za podršku instalacije više različitih verzija istih programa. Za svaku verziju dostupnog programa pripremljen je modul u kojem je definirano koje varijable okoline se postavljaju prilikom aktivacije modula. Osnovna naredba za rad s Modulefiles je module. Sve izmjene nad varijablama okoline odnose se isključivo za aktivnu sesiju, odnosno za pokrenuti posao. Stoga je module potrebno aktivirati u kod svakog podnošenja posla.

Popis dostupnih modula može se dobiti naredbom:

module avail

Ili popis programa za određeni alat, npr mpi:

module avail mpi

Akiviranje modula, odnosno postavljanje potrebnih varijable okoline:

module load ime_modula

Izmjena aktivne verzije modula:

module switch ime_modula nova_verzija

konkretan primjer izmjene MPI okoline:

# module load mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64
# which mpicc
/usr/lib64/mvapich2-intel-2.2/bin/mpicc
# module switch mpi mpi/openmpi3-intel-x86_64
# which mpicc
/usr/lib64/openmpi3-intel/bin/mpicc

Pregled svih aktivnih modula za koje je prethodno izvedena naredba load ili koji su učitani od strane drugog modula:

module list

Deaktivacija modula, odnosno uklanjanje varijabli okoline postavljenih od određenog modula:

module unload ime_modula

Deaktivacija svih modula:

module purge

Pregled akcija nad varijablama okoline koje određeni modul izvršava:

module show ime_modula

MPI

MVAPICH2

Primjer pokretanja aplikacije prevedene s MVAPICH2 2.2:

module load mpi/mvapich2-intel-2.2-x86_64
mpirun_rsh -np $NSLOTS -hostfile $TMPDIR/machines applikacija