Opis
Genome Analysis Toolkit (GATK) softverski je paket razvijen na Institutu Broad za analizu podataka sekvenciranja visoke propusnosti.
Skup alata uključuje širok izbor alata, s fokusom na otkrivanje varijanti i genotipizaciju, kao i naglasak na osiguranje kvalitete podataka.
Verzije
| Verzija | Modul | Supek | Padobran |
|---|---|---|---|
| 4.4.0.0 | scientific/gatk4/4.4.0.0 |  | |
Službena dokumentacija
- Dostupni alati: gatk-alati
- Git: https://github.com/broadinstitute/gatk
- Službena stranica: https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us
Primjer korištenja
Supek
#!/bin/bash #PBS -N gatk4-HTcaller #PBS -q cpu #PBS -l select=1:ncpus=1:mem=10GB cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/gatk4/4.4.0.0 gatk --java-options "-Xmx10G" HaplotypeCaller -R reference.fasta -I input.bam -O output.vcf
Padobran
#!/bin/bash #PBS -N gatk4-HTcaller #PBS -q cpu #PBS -l select=1:ncpus=1:mem=10GB cd $PBS_O_WORKDIR module load scientific/gatk4/4.4.0.0 gatk4.sh gatk --java-options "-Xmx10G" HaplotypeCaller -R reference.fasta -I input.bam -O output.vcf
S obzirom da veliki broj alata nema mogućnost kontrole broja jezgara koji se koristi, poslovi se šalju kao serijski. Kod korištenja alata koji imaju mogućnost korištenja više dretvi ili više jezgara bitno je navoditi da se koristi jednak broj jezgara koji je i tražen u skripti za podnošenje poslova($NCPUS).