Opis
NAMD (engl. Nanoscale Molecular Dynamics) je računalno-kemijska aplikacija za molekulsku dinamiku, a koristi se za simuliranje velikih biomolekula, poput proteina, nukleinskih kiselina i membrana.
Aplikacija je otvorenog koda, a podržava i upotrebu grafičkih procesora koji značajno ubrzavaju MD izračune.
Verzije
CPU | |||
|---|---|---|---|
| Verzija | Inačica | Kompajler | Modul |
| 2.14 | Multicore | GNU | scientific/namd/2.14-multicore |
GPU | |||
| Verzija | Inačica | Kompajler | Modul |
| 2.14 | Multicore + CUDA | GNU |
|
Službena dokumentacija
Napomene
namd2.run wrapperi
Za aplikaciju su pripremljeni wrapperi namd2.run koji olakšavaju pozivanje aplikacije, preuzimajući varijable dodijeljene od PBS-a.
Primjeri
CPU
Multicore
Morate zatražiti jedan računalni čvor, budući da aplikacija radi s dijeljenom memorijom. U primjeru niže, za aplikaciju ću se zatražiti sve zajedno:
- 32 procesorske jezgre
- 2 GiB RAM
#PBS -q cpu
#PBS -l select=1:ncpus=32:mem=2gb
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load "scientific/namd/2.14-multicore"
namd2.run f1atpase.namd
GPU
Multicore + CUDA
Morate zatražiti jedan računalni čvor, budući da aplikacija radi s dijeljenom memorijom. U primjeru niže, za aplikaciju ću se zatražiti sve zajedno:
- 1 grafički procesor
- 32 procesorske jezgre
- 2 GiB RAM
#PBS -q gpu
#PBS -l select=1:ngpus=1:ncpus=32:mem=2gb
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load "scientific/namd/2.14-multicore-cuda"
namd2.run f1atpase.namd