Opis
SIESTA je računalno-kemijska aplikacija koja se primarno koristi u računalnoj kemiji, fizici materijala i srodnim područjima za simulaciju materijala i proučavanje njihovih svojstava, na atomskoj razini. Omogućava simulaciju površina, molekula i kristalnih sustava.
SIESTA je aplikacija otvorenog koda, a na računalnom klasteru Supek, pripremljena je s podrškom za MPI paralelizaciju, što znači da se može širiti van jednog računalnog čvora.
Verzije
| verzija | modul | prevodioc | podrška | paralelizacija |
|---|---|---|---|---|
| 4.1.5 | scientific/siesta/4.1.5-gnu | GNU | CPU | MPI |
Službena dokumentacija
Primjeri
Napomene
Podrazumijevano PBS ponašanje je „slobodno" razmještanje chunkova po slobodnim čvorovima.
Zbog aktualnog cray-pals buga, trenutno je ograničen broj poslova koji se mogu širiti van čvora kad koriste Cray-ev mpiexec. Ako Vaš posao prijeđe taj limit te proširi svoje MPI procese na druge čvorove, prekinut će se.
Kako bi sigurno izbjegli bug, potrebno je sve MPI procese smjestiti na isti čvor. Najjednostavniji način je korištenjem opcije #PBS -l place=pack.
MPI
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 4 MPI procesa.
#PBS -q cpu
#PBS -l select=4:mem=1gb
#PBS -l place=pack
cd ${PBS_O_WORKDIR}
module load scientific/siesta/4.1.5-gnu
mpiexec siesta Fe.fdf