Opis

Programski paket Dalton sastoji se od dvije aplikacije; Dalton i LSDalton.

Dalton je znanstvena aplikacija koja se koristi za izvođenje kvantno-kemijskih računa, odnosno za računanje molekulskih svojstava i struktura, prije svega malih molekula. Aplikacija LSDalton je posebno usmjerena na proračune velikih molekulskih sustava.

Dalton je otvorenog koda, a podržava MPI paralelizaciju što znači da radi s raspodijeljenom memorijom te se, prilikom izvođenja na Supeku, može širiti van jednog računalnog čvora.

Verzije

Dalton

VerzijaModulPrevodilacPodrškaParalelizacijaSupekPadobran
2020.1 *scientific/dalton/2020.1-gnuGNUCPUMPIcheck mark buttoncheck mark button

* Verzija je, po uzoru na onu s računalnog klastera Isabella, prevedena s drugačijim parametrima u header datotekama.

DALTON/include/rspprp.h
MAXLBL = 30000
 
DALTON/include/infvar.h
MAXWOP = 1500000
 
DALTON/include/maxorb.h
MXSHEL = 8000
MXCORB = 7000
 
DALTON/include/aovec.h
MXAOVC = 72

DALTON/include/pcmdef.h
MXSP = 2000

LSDalton

VerzijaModulPrevodilacPodrškaParalelizacijaSupekPadobran
2020.0scientific/lsdalton/2020.0-gnuGNUCPUMPIcheck mark buttoncheck mark button

 Službena dokumentacija

Primjeri

Napomene

Zbog aktualnog cray-pals buga na Supeku, trenutno je ograničen broj poslova koji se mogu širiti van čvora kad koriste Crayev mpiexec. Ako Vaš posao prijeđe taj limit i proširi svoje MPI procese na druge čvorove, prekinut će se.

Kako bi izbjegli taj bug, sigurnije je sve MPI procese smjestiti na isti čvor.

Najjednostavniji način je korištenjem opcije #PBS -l place=pack.

Aplikacija Dalton može maksimalno koristiti 16000 MB radne memorije, zadano kao argument opcije -mb.

Kako bi izbjegli prekide poslova, u zaglavlju zatražite nešto više memorije nego što će aplikacija koristiti, zbog mogućnosti povremenih prekoračenja.

U primjeru je zatraženo ukupno 16 chunk × 1300 MB/chunk = 20800 MB.

Paralelno izvođenje

U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 16 MPI procesa, na 16 CPU jezgara.

Bash skripta
#PBS -q cpu
#PBS -l select=16:mem=1300mb
#PBS -l place=pack

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load "scientific/dalton/2020.1-gnu"

export DALTON_TMPDIR=${TMPDIR}
export DALTON_LAUNCHER="mpiexec"
export JOB="input"

dalton -mb 16000 -nobackup ${JOB} ${JOB} ${JOB}


  • No labels