You are viewing an old version of this page. View the current version.

Compare with Current View Page History

« Previous Version 23 Next »

Opis

ORCA je računalno-kemijska aplikacija općenitog tipa koji nudi širok raspon metoda i može se smatrati besplatnom alternativom za komercijalni GAUSSIAN.

ORCA je zatvorenog koda i dolazi s Open MPI implementacijom MPI-ja.

Verzije

VerzijaModulPodrškaParalelizacijaDostupnost
SupekPadobran
4.2.1scientific/orca/4.2.1CPUMPI *check mark button (error)
5.0.3scientific/orca/5.0.3CPUMPI *check mark button (error) 
5.0.4scientific/orca/5.0.4CPUMPI *check mark button check mark button 

ORCA dolazi u obliku prekompajliranih izvršnih datoteka koje se povezuju na Open MPI knjižnice.

Službena dokumentacija

Primjeri korištenja na Supeku i Padobranu

ORCA-u možete koristiti na jednak način na oba resursa.

Zbog nemogućnosti Open MPI-ja da iskoristi puni potencijal Supekove Slingshot mreže, odnosno nemogućnosti širenja van jednog čvora u slučaju Padobrana, potrebno je aplikaciju zadržati unutar granica jednog čvora, koristeći PBS opciju:

#PBS -l place=pack

ORCA-ina varijabla MaxCore (definirana u input datoteci) predstavlja memorijsko ograničenje određenih ORCA-inih računskih funkcija. Premala vrijednost za složenije sustave može rezultirati prekidom izvođenja posla. Tako primjerice %MaxCore 4000 postavlja ograničenje od 4000 MB (4 GB) i primjenjuje se po procesorskoj jezgri.

Međutim, program može i zauzeti više od toga pa se savjetuje koristiti broj koji je oko 75% zatražene memorije (po selectu) u zaglavlju PBS skripte.

Broj procesorskih jezgri ili radne memorije u ulaznu (.inp) datoteku možete unijeti ručno.

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti sa 16 MPI procesa.

Bash skripta
#PBS -q cpu
#PBS -l select=16:mem=5000mb
#PBS -l place=pack

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/orca/5.0.4

${ORCA_ROOT}/orca hydrolysis.inp

Prije pokretanja skripte, nužno je prilagoditi input datoteku:

hydrolysis.inp
!B3LYP DEF2-SVP D4 NEB-TS
%pal nprocs 16 end
%maxcore 3750
%NEB
 NEB_END_XYZFILE "products.xyz"
 PREOPT_ENDS TRUE
END
* XYZfile 0 1 reactants.xyz

Kao jednostavnija alternativa, izrađena je skripta runorca.mpi s dvije opcije, odnosno koja prima dva argumenta:

  • input datoteku (obavezno)
  • vrijednost MaxCore varijable (izražene u MB) (opcionalno, odnosno neobavezno)
Bash skripta
#PBS -q cpu
#PBS -l select=16:mem=5000mb
#PBS -l place=pack

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/orca/5.0.4

runorca.mpi --input hydrolysis.inp --maxcore 3750

Skripta će prije pokretanja ORCA-ine izvršne datoteke izmijeniti input u skladu sa zaglavljem i traženom MaxCore vrijednošću, pa %pal i %maxcore sekcije možete izostaviti iz "izvorne" input datoteke.

Skripta će implementirati korištenje TMPDIR direktorija, što u slučaju Padobrana dodatno može značiti i postizanje boljih performansi.

hydrolysis.inp
!B3LYP DEF2-SVP D4 NEB-TS
%NEB
 NEB_END_XYZFILE "products.xyz"
 PREOPT_ENDS TRUE
END
* XYZfile 0 1 reactants.xyz
  • No labels