Dostupne verzije i pripadajući moduli
| Verzija | Modul |
|---|---|
| 2.5.53 | module load bioinfo/hyphy/2.5.53 |
Korištenje
Paralelizacija aplikacije HyPhy moguća je sa OpenMP i MPI.
U slučaju korištenja OpenMP paralelizacije potrebno je koristiti mpisingle paralelnu okolinu!
Primjeri:
OpenMP paralelizacija
#!/bin/bash #$ -N hyphy_OMP #$ -cwd #$ -pe *mpisingle 8 module load bioinfo/hyphy/2.5.53 export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS hyphy slac --alignment HIV.nex
MPI paralelizacija
#!/bin/bash #$ -N hyphy_MPI #$ -cwd #$ -pe *mpi 8 module load bioinfo/hyphy/2.5.53 mpirun -np $NSLOTS HYPHYMPI slac --alignment HIV.nex