Opis
ORCA je računalno-kemijska aplikacija općenitog tipa koji nudi širok raspon metoda i može se smatrati besplatnom alternativom za komercijalni GAUSSIAN.
ORCA je zatvorenog koda i dolazi s Open MPI implementacijom MPI-ja.
Verzije
verzija | modul | podrška | paralelizacija |
---|---|---|---|
5.0.3 | scientific/orca/5.0.3 | CPU | MPI * |
5.0.4 | scientific/orca/5.0.4 | CPU | MPI * |
Napomena *
ORCA dolazi u obliku prekompajliranih izvršnih datoteka koje se povezuju na Open MPI knjižnice verzije 4.1.1.
Službena dokumentacija
- https://www.orcasoftware.de/tutorials_orca/#
- https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal
- ORCA 5.0.4 priručnik
Primjeri
Zbog nemogućnosti Open MPI-ja da iskoristi puni potencijal Slingshot mreže, preporučljivo je aplikaciju zadržati unutar granica jednog čvora, koristeći:
#PBS -l place=pack
U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti sa 16 MPI procesa.
Postavke ORCA simulacije, koje uključuju i broj procesorskih jezgri te radne memorije, definiraju se u ulaznoj ORCA .inp
datoteci.
Budući da aplikacija ne komunicira direktno s PBS sustavom, važno je osigurati da količina resursa u toj datoteci odgovara količini zatraženih resursa u zaglavlju PBS skripte kako ne bi došlo do diskrepancije.
Broj procesorskih jezgri u ulaznu datoteku možete unijeti ručno.
Niže je jednostavan primjer PBS skripte koja će modificirati vašu ulaznu datoteku (pod pretpostavkom da u istu već niste unijeli %PAL
liniju za paralelno izvođenje).
#!/bin/bash #PBS -q cpu #PBS -l select=16 #PBS -l place=pack cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/orca/5.0.4 # Prilagodi input datoteku za paralelno izvodjenje sed -i "2i %PAL NPROCS $(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) END" hydrolysis.inp # Poziv aplikacije ${ORCA_ROOT}/orca hydrolysis.inp # Resetiraj input datoteku sed -i "2d" hydrolysis.inp
Primjer ORCA input skripte (bez %PAL
linije za paralelno izvođenje).
!B3LYP DEF2-SVP D4 NEB-TS %NEB NEB_END_XYZFILE "products.xyz" PREOPT_ENDS TRUE END * XYZfile 0 1 reactants.xyz