Opis

SIESTA je računalno-kemijska aplikacija koja se primarno koristi u računalnoj kemiji, fizici materijala i srodnim područjima za simulaciju materijala i proučavanje njihovih svojstava, na atomskoj razini. Omogućava simulaciju površina, molekula i kristalnih sustava.

SIESTA je aplikacija otvorenog koda, a na računalnom klasteru Supek, pripremljena je s podrškom za MPI paralelizaciju, što znači da se može širiti van jednog računalnog čvora. 

Verzije

Službena dokumentacija

• https://departments.icmab.es/leem/siesta/Documentation/index.html

Primjeri

U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 4 MPI procesa.

#!/bin/bash

#PBS -q cpu
#PBS -l select=4
#PBS -N siesta

MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/siesta/4.1.5-gnu

mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} siesta Fe.fdf