Opis
SIESTA je računalno-kemijska aplikacija koja se primarno koristi u računalnoj kemiji, fizici materijala i srodnim područjima za simulaciju materijala i proučavanje njihovih svojstava, na atomskoj razini. Omogućava simulaciju površina, molekule i kristalnih sustava.
SIESTA je aplikacija otvorenog koda, a na računalnom klasteru Supek, pripremljena je s podrškom za MPI paralelizaciju, što znači da se može širiti van jednog računalnog čvora.
Verzije
verzija | modul | prevodioc | podrška | paralelizacija |
---|---|---|---|---|
4.1.5 | scientific/siesta/4.1.5-gnu | GNU | CPU | MPI |
Službena dokumentacija
Primjeri
U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 4 MPI procesa.
PBS skripta
#!/bin/bash #PBS -q cpu #PBS -l select=4 #PBS -N siesta MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l) cd ${PBS_O_WORKDIR} module load scientific/siesta/4.1.5-gnu mpiexec -n ${MPI_NUM_PROCESSES} siesta Fe.fdf