Opis

BAGEL (engl. Brilliantly Advanced General Electronic-structure Library) je računalno-kemijska aplikacija za izračune elektronskih struktura.

Aplikacija je otvorenog koda, a podržava MPI paralelizaciju što znači da radi s raspodjeljenom memorijom te se može širiti van jednog računalnog čvora.

Ne podržava Crayevu MPICH implemenaciju već koristi Open MPI.

Verzije

* https://github.com/qsimulate-open/bagel, master branch, commit 2955e4d (Jun 3, 2022)

Službena dokumentacija

• https://nubakery.org/index.html

Primjeri

U primjeru niže, aplikacija će pokrenuti 32 MPI procesa.

#PBS -q cpu
#PBS -l select=32
#PBS -N bagel
 
MPI_NUM_PROCESSES=$(cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l)
 
cd ${PBS_O_WORKDIR}
 
module load scientific/bagel/2022.06.03-intel
 
mpirun -np ${MPI_NUM_PROCESSES} BAGEL input.json