You are viewing an old version of this page. View the current version.

Compare with Current View Page History

« Previous Version 2 Next »

Opis

ORCA je računalno-kemijska aplikacija općenitog tipa koji nudi širok raspon metoda i može se smatrati besplatnom alternativom za komercijalni GAUSSIAN.

Postavke ORCA simulacije definiraju se u .inp datoteci koja je jedini argument orca izvršne datoteke.

ORCA je aplikacija zatvorenog koda i dolazi s Open MPI implementacijom MPI-ja.

Verzije

verzijamodulparalelizacija
5.0.4scientific/orca/5.0.4MPI *

* ORCA dolazi u obliku predkompajliranih izvršnih datoteka koje se povezuju na Open MPI knjižnice verzije 4.1.1, koja trenutno nisu kompatibilne sa Supekovim interkonekcijskim sustavom, odnosno HPE Cray Slingshot mrežom.

Iz tog razloga, ORCA-u je u trenutnoj iteraciji nužno koristiti unutar jednog radnog čvora, po uzoru na OpenMP aplikacije.

Službena dokumentacija

Primjeri

Za uspješno izvršenje aplikacije morate zatražiti jedan računalni čvor.

U primjeru niže, aplikacija će se pokrenuti s 16 MPI procesa.

Postavke ORCA simulacije, koje uključuju i broj procesorskih jezgri te radne memorije, definiraju se u ulaznoj .inp datoteci.

Budući da aplikacija ne komunicira direktno s PBS sustavom, važno je osigurati da količina resursa u .inp datoteci odgovara količini zatrežnih resursa u zaglavlju PBS skripte kako ne bi došlo do diskrepancije.

Broj procesorskih jezgri možete unijeti ručno.

Niže je jednostavan primjer PBS skripte koja će modificirati vašu input skriptu (pod pretpostavkom da u istu već niste unijeli %PAL liniju za paralelno izvođenje).

Bash skripta
#!/bin/bash

#PBS -q cpu
#PBS -l ncpus=16
#PBS -N orca

cd ${PBS_O_WORKDIR}

module load scientific/orca/5.0.4

# Prilagodi input datoteku za paralelno izvodjenje
sed -i "2i %PAL NPROCS ${NCPUS} END" hydrolysis.inp

# Poziv aplikacije
${ORCA_ROOT}/orca hydrolysis.inp

# Resetiraj input datoteku
sed -i "2d" hydrolysis.inp

Primjer ORCA input skripte (bez %PAL linije za paralelno izvođenje).

!B3LYP DEF2-SVP D4 NEB-TS
%NEB
 NEB_END_XYZFILE "products.xyz"
 PREOPT_ENDS TRUE
END
* XYZfile 0 1 reactants.xyz
  • No labels