Znanstvene aplikacije

Smjernice za dokumentaciju znanstvenih aplikacija.

• Opis aplikacije - Kratki opis aplikacije(namjena, performanse, usporedba sa prijašnjim verzijama, usporedba sa sličnim aplikacijama)

• Reference(opt)

• Službena dokumentacija (glavna stranica aplikacije, github...)

• Ime modula i verzije

• Primjer slanja poslova sa schedulerom (primjer skripte, izvor datoteka korištenih za primjer)

• Napomene (količina korištenih resursa, I/O upozorenja, mogući bugovi, bitni flagovi)
• Opis dopremanja i instalacije na HPC (korištene knjižnice, prevodioci, putanje, dodatne baze...)
• Benchmarking(opt)
• Novosti od verzije do verzije(changelog sa git-a)(opt)

Grupe aplikacija

• Računalna kemija
  • Gromacs
  • Amber
  • Orca
  • Quantum Espresso
  • xTB
• Bioinformatika
  • Analiza sekvenca
    • BLAST
    • bwa-mem2
  • Sekvenciranje visoke propusnosti
    • GATK
    • Samtoools
  • Filogenetika
    • Phyllip
• Matematika/statistika
• Deep Learning/Machine Learning
• Dev alati i knjižnice
  • Prevodioci
  • Jezici
  • Knjižnice
  • MPI

Baze podataka

• Dostupne baze podataka